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Selected interpolation and integration finite element Eulerian-Lagrangian methods for the solution of the transport equation are systematically compared, through a combination of formal analysis and numerical experimentation. Methods that approach conditions at the feet of the characteristic lines with the perspective of "integration" rather than "interpolation" tend to have superior accuracy. However, integration methods that track quadrature points are only conditionally stable. Stability criteria are provided for these methods, and are only mildly restrictive for most applications. A method that performs an exact integration is proposed and shown to have the best accuracy among the studied methods. Key Words: Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Stability analysis. Accuracy analysis. Numerical experimentation.

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A margem sul do estuário do Tejo é composta por extensas áreas com cotas baixas, logo suscetíveis a inundações. A determinação da perigosidade associada a estas inundações é por isso fundamental para a gestão territorial. Uma das mais graves inundações do último século ocorreu em 15 de fevereiro de 1941, existindo poucos dados quantitativos sobre o evento. Este trabalho vem colmatar esta lacuna através da implementação, validação e exploração de um conjunto de modelos numéricos que permitiu determinar a extensão da inundação da margem sul do estuário do Tejo, caso se repetisse um fenómeno semelhante, e determinar a importância relativa dos principais agentes forçadores nos níveis extremos neste estuário. Os modelos implementados incluem um modelo atmosférico à escala regional e local, modelos de agitação marítima e de circulação à escala regional, e um modelo acoplado de circulação e de agitação marítima à escala do estuário. Mostra-se também que a modulação do setup devido à agitação marítima na embocadura gera um sinal semi-diurno que é amplificado por ressonância no interior do estuário

Non-linear wave-wave interactions between sea-swell waves (0.5 < f < 0.04 Hz) and infragravity waves (0.04 < f < 0.004 Hz) are studied in detail from field data using bispectral analysis. This methodology allowed to understand the direction and magnitude of the non-linear energy transfers within the spectrum. Field measurements of pressure data were collected at S. Jacinto beach during a full tidal cycle on a cross-shore transect at the subtidal and intertidal zone. Bispectral estimates showed triad interactions between two sea-swell waves and one infra-gravity wave at the surf zone. The non-linear transfers were out of phase which indicates the presence of bound waves. These results evidenced the presence of energy transfers from infra-gravity to sea-swell band where the sea-swell waves are more energetic, during shoaling and breaking.

Generation mechanisms of infra-gravity motions are analysed using field observations at S. Jacinto beach. These observations were, tipically, bottom-pressure time series collected in June 2015 during a full spring tidal cycle from the subtidal to the intertidal zone. Bound wave and breakpoint generation mechanisms were assessed using the parameters proposed in the available literature. The results put in evidence the importance of infra-gravity wave energy close to the shoreline. An increase of up to 0.42 m was estimated. The clearest generation mechanism was the bound wave release. The breakpoint generation also contributed but to a less extent and only during high-water.

Climate change represents a potential threat for estuaries, via potential landward intrusionof saltwater, inundation of low-lying areas, acceleration in the nutrients cycling and disruption ofaquatic ecosystems. The Tagus estuary, one of the largest estuaries in Europe, holds a major naturalreserve and supports diverse activities, some of which may be negatively affected by the landwardintrusion of saltwater (e.g. agriculture). In this study, a new three-dimensional hydrodynamicsbaroclinic model is implemented and validated in the Tagus estuary. A preliminary analysis of thesalinity distribution relative to different river flows and sea level rise is also performed. Results showthat the model adequately represents the main patterns observed, with significant improvements fromprevious applications. The classification of the estuary, based on the Venice system, showscontrasting situations regarding the salinity distribution for extreme river flows, and the progressionfurther upstream of the saltwater due to mean sea level rise.

The assessment of vulnerability provides valuable knowledge in the risk assessment steps of a risk governance process. Given the multiscale, multilevel and multisectorial aspects of flood risk, the diversified entities that directly and indirectly intervene in risk management require specific outputs from the assessment studies. Vulnerability assessment methodologies should, therefore, produce the most adequate information considering their final end-users. Urban areas in estuarine margins are particularly exposed and vulnerable to flooding due to the high dynamics of such natural and human systems. That interface conditions are found in the Old City Centre of the Seixal municipality, located in the left margin of the Tagus River, near Lisbon (Portugal). In this study area two distinct methodologies were applied for the assessment of territorial vulnerability to estuarine flooding. After a description of the assessment procedures results are presented, compared and discussed. A first, lower-scale, methodology explores the application of the statistical procedure based on the SoVI® at the statistical block level. The second, higher-scale, methodology is based in data collected through field matrices at the building and statistical sub-block level. The comparison of both vulnerability classifications revealed that the lower-scale vulnerability assessment provides information with the ability to identify vulnerability drivers at the regional and municipal level. Nevertheless, only at a higher-scale it is possible to characterize and differentiate the smaller units of analysis that compose the Old City Centre of Seixal. It is argued that the most efficient implementation of local flood risk management strategies in the study area

Floods in estuaries can be forced by factors associated to ocean and inland sources. In the particular case of the Tagus estuary, the water level variability is mostly driven by tides and storm surges. One of the most recent flood events with the greatest impact in this estuary occurred on February 2010 associated with the passage of the Xynthia storm by the Portuguese coast. In the present study this flood event and related impacts are characterized considering two different territorial contexts: urbanised and productive agricultural areas. The territorial characterization of the potential flooding areas for a similar event considering a sea level rise scenario, obtained through numerical modelling, shows important contrasts in flooding extensions and in the exposed elements typology. These results are relevant for flood risk management, contributing to the definition of adaptation measures to improve the capability to cope with future extreme events.

Durante temporais marítimos que atingem a costa ocorre, frequentemente, a erosão de sistemas praia duna. Apesar da componente transversal dos processos costeiros ser predominante relativamente à componente longitudinal durante eventos deste tipo, é importante conhecer como os gradientes longitudinais da geomorfologia afetam a morfodinâmica do sistema praia-duna no seu todo. Este estudo teve como objetivo analisar o efeito da variação longitudinal da morfologia da duna frontal na morfodinâmica do sistema praia-duna sob ação de ondas incidentes oblíquas e variação do nível do mar devida à ação das marés astronómica e meteorológica. A insuficiência de dados de campo ou laboratório deste tipo para condições de temporal marítimo é uma limitação à compreensão dos processos costeiros subjacentes. Por isso, nesta análise recorreu-se a um modelo numérico 2DH de morfodinâmica baseado nos processos costeiros. A morfologia do caso de estudo foi simplificada para limitar a complexidade dos fenómenos físicos envolvidos e, assim, melhor se identificarem os mecanismos responsáveis pela evolução morfológica verificada. Inicialmente apenas a altura da duna frontal variava na direção longitudinal. Contudo, no decorrer da tempestade, com a erosão da duna, outras características morfológicas no topo e acima da face de praia deixaram de ser uniformes na direção longitudinal. Apesar do volume de sedimentos erodidos da zona face de praia-berma-duna frontal ser mais elevado para os trechos de duna mais alta e o recuo da duna frontal ser maior para os trechos de duna mais baixa, a nova topo-hidrografia das zonas de rebentação e face de praia continuou bastante uniforme na direção longitudinal. Concluiu-se que parte do volume de sedimentos erodidos da zona face de praia-berma-duna frontal dos trechos de duna mais alta é transportada pela corrente longitudinal e depositada na área submersa dos trechos de duna mais baixa, atenuando assim os gradientes longitudinais da topo hidrografia das zonas de rebentação e face de praia.

A Ria de Aveiro sofreu alterações hidrodinâmicas e morfológicas ao longo da sua evolução, que conduziram a modificações nos padrões de circulação e sedimentares. A dinâmica dos sedimentos em suspensão reveste-se de enorme importância local, na medida em que o transporte dos sedimentos em suspensão pode provocar alterações batimétricas pontuais.Neste trabalho foi simulada a concentração de sedimentos em suspensão na Ria de Aveiro através da utilização de um modelo numérico, efetuando-se análise da sensibilidade dos seus resultados face a diferentes cenários de caudais fluviais afluentes à Ria de Aveiro, associados a períodos de retorno de 2, 10 e 100 anos, em situações extremas e médias de maré. As velocidades do escoamento, a concentração de sedimentos em suspensão e os fluxos de água e sedimentos foram determinados em secções de estudo, localizadas na entrada dos principais canais.Os resultados evidenciaram a exportação de sedimentos da Ria de Aveiro e da sua bacia hidrográfica no sentido do oceano. O aumento dos caudais fluviais apenas induz alterações na magnitude dos fluxos sedimentares em suspensão em situação de maré viva, não ocorrendo quaisquer alterações em situação de maré morta e maré média.

Cohesive sediment transport is not directly related to easilymeasurable parameters. Erosion and deposition properties are usually described bycritical bed shear stresses, erosion rate coefficients and settling velocities. Toimprove the reliability of numerical models, these parameters should bedetermined from observations and experiments, either in situ or in the laboratory.This work presents some results of laboratory tests (settling column, annular flumeand straight, recirculating flume tests) with fine sediments collected in the AveiroLagoon, in order to contribute to that improvement. The results indicate thatlaboratory tests can indeed provide insight into erosion and deposition properties.The results also suggest that fine sediment transport depends partly on cohesiveproperties, such as flocculation, and partly on particle size.

As inundações em zonas estuarinas e costeiras podem causar danos significativos, como os que ocorreram no inverno 2013/2014 na costa Portuguesa. No entanto, estes danos podem ser mitigados se os eventos forem previstos com antecedência. Com vista a fornecer a informação necessária às autoridades, desenvolveu-se um sistema operacional de previsão dos níveis do mar na costa Portuguesa. Este sistema tem por base a simulação da agitação marítima e dos níveis devidos à maré e aos agentes atmosféricos, a escalas regionais e locais.À escala regional, simula-se a agitação marítima com o modelo WaveWatch III no Atlântico Norte, com uma malha encaixada na costa Portuguesa. Paralelamente, simulam-se os níveis devidos à maré e agentes atmosféricos no Atlântico Nordeste com o modelo SCHISM. Numa segunda fase, estes modelos regionais são utilizados para forçar modelos locais que simulam de forma acoplada a agitação marítima e os níveis com base no código SCHISM-WWM. Como teste piloto a nível local, implementou-se um modelo do estuário do Tejo, incluindo zonas inundáveis na margem sul. O conjunto de modelos é executado diariamente, de forma automática, produzindo previsões de 48 horas. Os resultados são integrados na plataforma WIFF (Water Information and Forecasting Framework - http://ariel.lnec.pt) que os disponibilizam de forma ágil através de um browser.

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The hydrodynamics and sediment dynamics of a low energy estuarine beach was analysed. The beach is subjected to local wind waves generated in an area of restricted fetch, wake waves generated by catamarans and a semi diurnal meso-tidal regime. Only storm events of short duration modify the beach profile, which, once the normal hydrodynamic conditions are restored, naturally recovers its initial shape. The beach is characterised by having a steep upper slope until mean sea level, followed, seaward, by a low gradient terrace, and a bimodal sediment distribution. To investigate the hydro sedimentologic beach behaviour, wind, topo-hydrographic and sedimentologic data were used as input and validation of process based numerical modelling. Wave generation and transformation in an area of restricted fetch, nearshore circulation, sediment transport and morphological evolution were simulated for average annual conditions and storm conditions. The statistical analysis of a six-year wind data series allowed to derive the average wind regime, based on which, the average annual wave regime and the average annual longshore sediment budget, 14.5x103 m3year-1, were calculated. The contribution of the individual components of the representative wave regime, discretised by directional sector and height class of incidence, was evaluated as well as the spatial distribution of the longshore sediment transport in the active part of the beach profile. The characteristics of the wave groups generated by the passage of catamarans at different speeds were estimated and their action on the beach morphology was simulated. Although when the catamarans travel at 20 knots speed the average annual wake wave energy dissipated at the beach is 2.5 times higher than the average annual wind wave energy, the erosion effect on the beach profile is still not relevant for the present traffic. In opposition, short duration storm events generate the formation of an erosion scarp at the upper part of the beach face. The numerical modelling of this phenomenon allowed to acknowledge on the protective effect that the low gradient terrace has on the beach face.

A presente tese tem como objetivo melhorar a gestão dos sistemas de distribuição de água através da utilização de métodos probabilísticos e estatísticos para analisar os dados de contadores inteligentes. Assim, é proposta uma metodologia para avaliação da incerteza em medições de caudal dinâmicas, baseada apenas nas próprias medições, no método de bootstrap por blocos e no ajustamento de um modelo adequado aos dados em estudo. De seguida, é desenvolvida uma metodologia de amostragem probabilística estratificada dos clientes para identificação de uma amostra representativa onde deverão ser instalados contadores inteligentes, sendo os estratos definidos pelos grupos obtidos numa análise de clusters baseada em dados de faturação. É ainda apresentada uma metodologia para a decomposição¸ de séries temporais de caudal em consumo autorizado, consumo não autorizado, roturas e perdas, utilizando técnicas de suavização de séries temporais e análise do espetro singular (singular sprectum analysis). Por último, são testados alguns métodos robustos e de analise funcional para deteção de valores anómalos em series temporais de caudal.

A compreensão dos impactes das alterações climáticas é fundamental para agestão a longo do prazo dos ecossistemas estuarinos. Esta compreensão sópoderá ser efectiva considerando a variabilidade climática natural e o papelrelativo das intervenções antropogénicas nestes ecossistemas. Assim, apresente dissertação analisa a influência das alterações climáticas e pressõesantropogénicas na qualidade da água e dinâmica ecológica da Ria de Aveirocom base numa abordagem integrada, que combinou a análise de sériestemporais dos últimos 25 anos e a modelação numérica de elevada resoluçãode cenários futuros de alterações climáticas e intervenções antropogénicas.A componente de modelação de qualidade da água e ecológica foi melhoradaa vários níveis. A análise de sensibilidade do modelo 3D hidrodinâmicoecológicoECO-SELFE aplicado à Ria de Aveiro e a revisão das constantes desemi-saturação para absorção de nutrientes pelo fitoplâncton contribuírampara a precisão e robustez das aplicações. A concentração do fitoplâncton foisignificativamente influenciada pelas taxas de crescimento do fitoplâncton e demortalidade e excreção do zooplâncton, e apresentou uma sensibilidadereduzida à variação das constantes de semi-saturação na gama identificadapara as diatomáceas. O acoplamento do ECO-SELFE a um modelo de campopróximo e a integração do ciclo do oxigénio aumentaram a sua capacidade derepresentação dos processos e das escalas espaciais relevantes. A validaçãodo ECO-SELFE foi realizada com base num conjunto de campanhasespecíficas realizadas no canal de Mira. Os padrões espaciais e temporaisobservados para as várias variáveis (clorofila a, nutrientes, oxigénio dissolvido,salinidade, temperatura da água, correntes e níveis) foram simulados comerros menores ou semelhantes aos obtidos neste tipo de aplicações.A análise dos padrões de variabilidade espacial e temporal da qualidade daágua e ecológica na Ria de Aveiro a diferentes escalas, efectuada com basenos dados históricos de 1985 a 2010 complementados pelas campanhasrealizadas, sugeriu uma influência combinada da variabilidade climática e dasacções antropogénicas. Os cenários futuros de alterações climáticas eintervenções antropogénicas simulados evidenciaram uma influência maissignificativa das alterações climáticas quando comparadas com os efeitos dasacções antropogénicas analisadas. As variações mais significativas sãoprevistas para os cenários de subida do nível do mar, seguidos dos cenáriosde alterações dos regimes hidrológicos, evidenciando o papel da circulação(maré e caudal fluvial) no estabelecimento da qualidade da água e dinâmicaecológica na laguna. Para os cenários de subida do nível do mar são previstosdecréscimos significativos da clorofila a e dos nutrientes a jusante e nas zonasintermédias do canal, e um aumento significativo da salinidade a montante.Estas alterações poderão favorecer modificações da composição e distribuiçãodas comunidades, afectando a cadeia alimentar e causando uma progressãopara montante de espécies marinhas. Os resultados sugerem ainda que osefeitos poderão ser mais significativos em estuários pouco profundos.

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A temática dos derrames de hidrocarbonetos continua a ser um assunto de extremaimportância dados os graves impactes continuadamente causados no meio marinho. O desenvolvimentode ferramentas para auxilio às autoridades responsáveis pela gestão costeirano combate e mitigação deste tipo de acidentes é prioritário nos planos estratégicos governamentais.Neste trabalho propõe-se um novo sistema integrado de análise de hidrocarbonetos desenvolvidopara aplicação a derrames em zonas costeiras, portuárias e oceânicas. Desenvolveuseuma nova metodologia baseada na sinergia da modelação numérica com a detecção remotapor satélites. Este sistema integra uma componente de modelação numérica flexível(2D/3D) e um novo algoritmo de segmentação de manchas de hidrocarbonetos observadasem imagens SAR. O algoritmo de detecção remota foi concebido para validar os resultadosdo sistema de modelos. O sistema de modelação baseia-se numa abordagem Euleriana-Lagrangeana para a resolução dos processos de evolução dos hidrocarbonetos, utilizandomalhas não-estruturadas para a representação dos domínios de estudo numa perspectivamulti-escala. O modelo de hidrocarbonetos inclui a maioria dos processos relevantes numderrame à superfície e na coluna de água e inclui um novo algoritmo para a retenção costeiraque considera a dinâmica intertidal para aplicação a domínios praias, lagunas e estuários.Realizaram-se diversas aplicações sintéticas e reais que comprovaram a precisão, robustez,fiabilidade e flexibilidade do sistema integrado, com custos computacionais e níveisde complexidade variável. A aplicação do sistema ao caso Prestige permitiu demonstrarque a sinergia entre a modelação numérica e a detecção remota é uma mais-valia para aprevisão de derrames de hidrocarbonetos no mar e serviu como base para uma análise qualitativada influência da precisão da previsão do vento como agente forçador.Futuramente, o sistema poderá ser aplicado na optimização de planos de contingência,sustentando análises de risco, e em sistemas de alerta e aviso para acidentes de poluição.

As margens estuarinas são constituídas por diversos elementos morfo-sedimentares, interdependentes entre si através de processos hidrodinâmicos, sedimentares, morfológicos e ecológicos. Estas características conferem à zona marginal do estuário uma sensibilidade particular a desequilíbrios entre o suporte morfológico e sedimentar e à acção dos agentes hidrodinâmicos, climáticos e antrópicos. A presente tese contempla o estudo da evolução morfo-sedimentar de margens estuarinas, procurando identificar as condições genéticas, caracterizar e quantificar os processos evolutivos actuais e passados. A área em estudo situa-se na margem sul do estuário interno do Tejo, entre Alcochete e Cacilhas, incluindo a restinga do Alfeite e a baía do Seixal. Efectuou-se a caracterização hidrodinâmica, morfológica e sedimentar da região em estudo e a avaliação dos padrões evolutivos à mesoescala e microescala. O estuário do Tejo é caracterizado por extensas zonas intertidais constituídas por rasos de maré e sapais. Estas áreas são alimentadas por sedimento em suspensão de origem fluvial, redistribuído pelas correntes de maré. Contrastando com o predomínio da sedimentação essencialmente silto-argilosa, surgem na margem sul praias e restingas de natureza arenosa que indicam a actividade de ondas de geração local. A morfologia da restinga do Alfeite evidencia a actividade de ondas, quer na sua formação, quer na sua evolução temporal. A sua instalação, há cerca de 500 anos atrás, terá correspondido a um episódio de mobilização considerável de material grosseiro proveniente de fontes sedimentares próximas - as rochas detríticas miocénicas e pliocénicas. A instalação da restinga proporcionou a manutenção de um ambiente de baixa energia, constituído por rasos de maré e sapais (baía do Seixal). O clima de agitação local está sobretudo relacionado com as nortadas, devido às maiores distâncias de fetch associadas e à intensidade mais elevada dos ventos daquele quadrante. O clima de agitação médio, obtido através de um modelo de previsão da agitação, caracteriza-se por alturas significativas de onda entre 0,2 e 0,4 m e por períodos de zero ascendente de 2 s. Em condições extremas a altura significativa de onda pode atingir 1,3 m. As ondas de geração local no estuário interno têm capacidade para causar a ressuspensão, transporte e acumulação de areias na margem sul, virada às direcções de fetch mais longo. Identificaram-se dois domínios principais de transporte longitudinal, envolvendo um caudal sólido semelhante de 20 000 - 30 000 m3/ano. Estes resultados concordam como as direcções de desenvolvimento e de progradação das restingas de areia. O padrão de dispersão de material sedimentar concorda também com a localização de fontes sedimentares potenciais. A restinga do Alfeite mostra uma variação morfológica evidente nos últimos 150 anos, dominada pelos processos de erosão e envolvendo a redução da área da praia em cerca de 15 ha. As modificações mais importantes ocorreram no período 1930-1979, com uma taxa de erosão média de 0,3 ha/ano, que coincidiu com intensa intervenção antrópica no sistema envolvendo alteração dos balanços sedimentares locais. As taxas de erosão obtidas através da análise evolutiva à mesoescala concordam com os volumes sedimentares avaliados para a deriva litoral local. O padrão evolutivo à microescala da praia do Alfeite mostra igualmente um comportamento particular de resposta a alterações hidrodinâmicas locais e à acção antrópica. O padrão de evolução à mesoescala e microescala da baía do Seixal sugere uma diferença acentuada entre o comportamento das zonas subtidal e intertidal inferior, com alguma dominância dos processos erosivos (com uma taxa de erosão média de 1-2 cm/ano), e o da zona supratidal com taxas de sedimentação relativamente elevadas (1cm/ano). O modelo morfo-sedimentar proposto para a baía do Seixal é essencialmente um modelo de redistribuição de sedimentos entre os rasos de maré superiores e sapais e os canais; resulta a selecção natural entre siltes grosseiros e areia e uma fracção mais fina com componente orgânica importante. À macroescala, o modelo evolutivo proposto será interrompido por episódios de entrada excepcional de material, principalmente através da rede hidrográfica local, associados a eventos extremos. As margens estuarinas são particularmente sensíveis a alterações extremas dos balanços sedimentares locais, sendo clara a interdependência entre a evolução morfológica e a interferência antrópica no sistema.

Os estuários são sistemas ricos em recursos naturais e de grande fragilidade ecológica. O seu uso, como suporte de múltiplas actividades, faz com que seja necessário definir planos de gestão destinados a compatibilizar tais utilizações, salvaguardando o equilíbrio ecológico e a saúde pública. Reviram-se os conceitos de estuário, suas características e tipos. Identificaram-se princípios e metodologias para a sua gestão, que requerem o uso de instrumentos, dentre os quais são objecto central do presente estudo os sistemas de indicadores ambientais. O modelo de enquadramento adoptado foi o de Pressão Estado Resposta. As aplicações do conceito de indicador ambiental a estuários são recentes e limitadas, devido à especificidade destes sistemas, em particular, da coexistência de escalas de tempo distintas no controlo dos processos hidrodinâmicos e das suas características bio-geo-químicas. A caracterização ambiental dum estuário requer a aplicação de uma metodologia que inclui, além de informação de contexto, a identificação das zonas homogéneas, definidas com base em critérios morfológicos, de salinidade e de gestão, e das escalas de tempo relevantes, para definir os domínios de integração espacial e temporal das variáveis observadas, que conduzem aos valores significativos. A estes é removida a dimensão, sendo normalizados por aplicação de operadores algébricos e gráficos, inferindo-se a conformidade com a qualidade ambiental a partir dos valores dos indicadores normalizados. A metodologia inclui a definição de classes de qualidade. A metodologia foi ensaiada no estuário do Tejo. A sua caracterização, cobrindo as temáticas da eutrofização e estado de oxigenação, da qualidade estética e da contaminação bacteriológica e por xenobióticos, demonstrou a exequibilidade do método. Os resultados, se bem que de interesse relativo por recorrerem a dados heterogéneos e, por vezes, sem actualidade, revelam um estuário com baixa susceptibilidade à poluição, onde o incumprimento das normas de emissão pelas fontes poluentes era dominante. Porém, o estado do estuário revelou-se, em grande parte da sua extensão, bom ou excelente relativamente a alguns parâmetros, embora tenham sido identificadas situações de não conformidade. A metodologia é, assim, exequível, mesmo quando aplicada a um estuário complexo como o Tejo, e capaz de diferenciar situações de qualidade ambiental distintas. Constitui um instrumento de gestão útil para o apoio ao planeamento de programas de monitorização, para a sistematização da informação e para a comunicação clara com os responsáveis pelas decisões e com o público.

Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) are increasingly used to simulate groundwater and surface water transport and water quality, largely due to their ability to use large time steps and to formally decouple processes with distinct time scales. Yet, two severe limitations remain: (1) ELMs do not inherently conserve mass, AND (2) in multiple dimensions, robust implementations of "higher-order" ELMs are expensive. Our research focused on the understanding of the main sources of errors in ELMs. We analyzed systematically the impact and relative importance of tracking errors, integration errors and forcing by non-conservative flow fields, on measures of mass conservation, overall accuracy and stability. From this analysis, we propose new methodologies and general guidelines towards mass conservative, globally accurate and stable multi- dimensional ELM transport simulations in estuarine and coastal regions. We performed a pioneering study of the influence of tracking errors, demonstrating their very strong negative impact on mass conservation, overall accuracy and stability. Low-order tracking methods are strongly discouraged in the presence of complex flow fields, typical of estuaries, because they are too inaccurate to allow overall mass balance and phase preservation, and they lead to potential instability. We show that the evaluation of the integrals at the feet of the characteristic lines is an important source of mass and overall errors, which can be controlled through grid refinement. To avoid such errors, we develop a new method that combines the flexibility and local mass properties of control volume finite element methods (CVFE), with a new quadrature integration technique. Subdivision quadrature overcomes stability constrains of traditional quadratures and allows for easy implementation in multiple dimensions. We find subdivision quadrature CVFE-ELMs to be an attractive alternative to current finite element ELMs in estuaries and coasts. Non-conservative flow fields are the primary concern for estuarine and coastal applications because ELMs cannot mitigate their effect without jeopardizing overall accuracy. We found bathymetric gradients and complex geometry to be the main sources for flow mass errors, and grid refinement to be inadequate to eliminate them. Consequently, mass imbalances in ELM solutions cannot be removed by grid refinement. Control volume finite elements and conservative-equation-based formulations are equally ineffective in the presence of a non-conservative flow. The problem needs to be addressed at the source, i.e., the circulation models that generate the flows. A detailed analysis of residence times illustrates the importance of improving numerical models, and provides new insights on the variability of residence times in estuarine systems. A new methodology is proposed, which emphasizes the importance of local analysis of residence times to understand the fluxing properties of a complex system, while providing an alternative approach to traditional bulk evaluations of residence times. Key Words: Flow mass conservation. Transport Mass conservation. Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Finite Volumes. Finite elements. Accuracy Analysis. Residence Times.

The thesis deals with the numerical modelling of random wave propagation in the nearshore region. The mathematical modelling is based on the mild - slope equation.The mild - slope equation has been considered in a linear elliptic form in order to take into account wave refraction, diffraction, and reflections, and therefore to allow for the applicability of the model without constraints even to areas like harbours where reflections play an important role. Owing to the fact that we are dealing with a boundary value problem, the mathematical methods for solving the linear system of equations generated after discretising the governing equation and the boundary conditions imposed are fundamental to developing an efficient numerical model. A range of mathematical methods for solving the linear elliptic form of the mild-slope equation as well as a range of appropriate radiation boundary conditions are analysed, implemented and compared. Comparisons with available results, experimental and numerical, for different cases of study, validate the model for monochromatic waves.To overcome the difficulty of applying the linear elliptic model over large areas, a multigrid technique was deployed in a numerical model of a non-linear transformed form of the mild-slope equation in order to accelerate convergence. This technique was applied to a range of iterative solvers and satisfactory results were obtained.A numerical model of a hyperbolic form of the mild-slope equation, an initial value problem, was also developed and extended in order to test a range of radiation boundary conditions. Results show that "sponge layers" provide the best means of dealing with radiation type boundary conditions.The elliptic model was then further developed by extending it to random waves using the concept of superposition of spectral components. The importance of frequency and directional spreading was investigated. Based on the energy balance equation the phenomenon of breaking of irregular waves in the surf zone was incorporated, using two different approaches, in the model which was applied to cases that had been experimentally studied before. The results from this part of the work are unique and demonstrate the practical usefulness of the model.

STERNA é um sistema de modelos matemáticos para a simulação de processos hidrodinâmicos e de qualidade da água em estuários não-estratificados. Este sistema é constituído pelo modelo hidrodinâmico MOHID, previamente existente, e por um modelo de transporte e por um conjunto de módulos de qualidade da água, desenvolvidos no decurso deste estudo. As equações de conservação da massa e de conservação da quantidade de movimento, do modelo hidrodinâmico, e a equação de advecção-difusão, do modelo de transporte, são resolvidas pelo método das diferenças finitas, a partir de uma formulação bidimensional (2D), integrada na vertical.Descreve-se a aplicação do sistema STERNA ao estuário do Tejo. Os resultados são comparados com observações efectuadas em campanhas do "Estudo Ambiental do Estuário do Tejo". Estas observações compreendem: a) séries temporais de correntes, salinidade, temperatura e sedimentos em suspensão, com cerca de 24 horas de duração; b) séries de valores mensais de salinidade, temperatura, clorofila-a, fosfato, amónia, nitrato, CBO e oxigénio dissolvido, com 4 anos de duração. Verifica-se, para a generalidade dos parâmetros, uma concordância satisfatória entre observações e resultados dos modelos.Os dados de campo e o sistema de modelos proposto servem de suporte a uma análise das características do ambiente no estuário do Tejo. Discutem-se, em particular: as trocas de maré entre o estuário e o exterior; a importância da estratificação de densidade; os fluxos de calor através da superfície; os mecanismos de formação da zona de turvação máxima; os factores responsáveis pela limitação da produção primária fitoplanctónica; os processos envolvidos no ciclo do fósforo e do azoto; e a ocorrência de défices de oxigénio. Conclui-se pela importância de uma abordagem integrada no estudo dos processos estuarinos.Palavras-chave: Modelos matemáticos; método das diferenças finitas; hidrodinâmica de estuários; qualidade da água; estuário do Tejo.

Although three-dimensional (3D) modeling of coastal and estuarine flows is becoming common, several limitations remain related to our ability both to describe and to numerically simulate the correct physics. Two key limitations concern vertical resolution: the lack of flexibility of current methods for vertical discretization prevents the optimal use of computational resources, and guidelines for vertical nodal placement are not available.The major contribution of this thesis is the development, analysis and test of an approach that allows for an unprecedented flexibility in the vertical refinement of the domain. This approach, which we refer to as localized sigma coordinates (LSC), is the first to allow the number of nodes per vertical to vary horizontaly, and can therefore be considered a natural extension to the use of unstructured grids in the horizontal.To take advantege of the LSC, we perform the first systematic study for the vertical discretization in barotropic tidal flow simulations. The resulting optimal grid can reduce the errors relative to a uniform grid by over an order of magnitude and compares favorably with non-uniform grids previously proposed. A criterion to guide the horizontal distribution of the total number of nodes is proposed and discussed in the context of simple one- and two-dimensional models, and is then extended to three dimensions. Accounting for advection in three dimenions forces modifications to the criterion, but the overall concept proved to be useful: using a variable number of nodes per vertical reduces the maximum velocity errors by a factor of two.As part of our analysis of the LSC, we investigate the evaluation of the horizontal gradients in sigma-coordinate shallow water models. We show that horizontal gradients should be computed in sigma rather than z-coordinates, and that the so-called hydrostatic inconsistency typically associated with sigma coordinates does not correspond to a numerical inconsistency. The large errors associated with the evaluation of horizontal gradients can be by-passed through appropriate horizontal resolution, and a procedure to define this resolution is proposed based on results from a truncation error analysis.An application to the Tagus estuary demonstrates the enhanced accuracy provided by the LSC, and provides new insights into the estuarys 3D barotropic circulation. Strong residual currents (depth-averaged eulerian residual velocities of up to 0.5 m/s) are generated by advective accelerations and have a major impact on the mixing characteristics at the mouth of the estuary. The assymetry between ebbing and flooding promotes exchanges between marine and estuarine waters, while he interaction between tidal and residual flows leads to strong chaotic stirring.The good performance of the LSC in a complex application establishes this method as an attractive alternative to the traditional sigma- and z-coordinates.

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