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A morfologia, a hidrodinâmica, a dinâmica sedimentar e a qualidade da água do estuário do rio Ave foram caracterizadas através da compilação e análise de dados históricos, da colheita e análise de sedimentos de fundo e da aplicação de modelos numéricos.O caudal fluvial controla em grande parte a hidrodinâmica porque o prisma de maré é restringido pela reduzida dimensão do estuário, em largura e em comprimento (a propagação da maré é limitada por açudes). A fraca intensidade das correntes de maré provoca condições deficientes de auto-manutenção de profundidades na embocadura, agravadas pelo constante afluxo de areia proveniente da praia a sul. Na zona superior do estuário, os sedimentos predominantemente silto-argilosos são responsáveis por taxas de sedimentação moderadas em zonas abrigadas. A qualidade da água afluente ao estuário é má, com níveis muito elevados de coliformes, fosfatos e matéria orgânica (CBO5), o que é agravado pelo lançamento de águas residuais no próprio estuário.

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Three alternative methods to remove oscillations in two-dimensional Eulerian-Lagrangian salt transport simulations are compared: a Flux-Corrected Transport (FCT) scheme, a non-linear filter (NLF) and the explicit introduction of diffusion. The three formulations are implemented in a high-accuracy Eulerian-Lagrangian model (ELM), and are applied to the salinity propagation in the Guadiana estuary (Portugal). This test allows both for a stringent comparison in a real setting where adequate field data is available, and to assess the practical consequences of the choice of the numerical scheme. The evaluation of the schemes confirms a previous analysis showing that the FCT-based method provides the best results, closely followed by the non-linear filter. For these methods, oscillations are removed with minimal numerical damping, and the agreement with field data is good. The performance of the base model with non-zero diffusion coefficients is case-dependent, improving its results as the mixing of the front increases due to larger river flows. For the Guadiana estuary, the choice of the numerical scheme is crucial: important indicators, such as the domain-integrated residence time and the limit of salinity intrusion, may have errors up to 25%, if an artificially diffusive method is used to avoid numerical oscillations.

Barotropic tides in the Iberian Atlantic shelf were simulated using a finite element model. The model was validated with data from twelve coastal gauges. The model reproduces the known behavior of semi-diurnal tides, which propagate northward as Kelvin waves, and predicts the existence of amphidromes in the Strait of Gibraltar for the diurnal waves. Model results were then used to specify boundary conditions for a tidal model of the Guadiana estuary. Results show that the spatial variability of tidal boundary conditions in estuarine models can be necessary for the accurate representation of the mixing between estuarine and ocean waters.

An improvement on the simulation of outgoing waves on a time dependent numerical model for water wave propagation in the nearshore region is presented. The governing equations consist of a system of first order partial differential equations (PDEs), the equation of continuity and the equation of motion. A comparative study of first order radiation boundary conditions (BCs) and first order radiation BCs combined with sponge layers is presented for cases where outgoing waves leave the numerical domain of calculation through the open boundary. A reduction of spurious reflections from the numerical open boundaries can be obtained with an irrelevant increase in terms of computational cost.

This paper investigates the generation of flow mass errors in finite element shallow water models and the effect of these errors in the mass conservation of Eulerian-Lagrangian transport simulations. Flow mass errors are shown to be similar for several primitive and wave equation formulations. These errors occur primarily in areas of steep bathymetric gradients and near complex boundaries. Forcing Eulerian-Lagrangian transport simulations with nonconservative flow fields generates important mass imbalances, which can be mitigated by refining the flow grid.Comparatively, refining the transport grid only reduces marginally the mass errors.

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A two-dimensional simulation of wave propagation is used to investigate wave transformation over the complex bottom geometry of the Tagus estuary entrance. The application of a hyperbolic numerical model based on the mild-slope equation in such large coastal area, where wave transformation is due to the simultaneous occurrence of the processes of refraction, diffraction, reflection and breaking, is done for the first time.Wave climate analysis is obtained for a vital area, the access to the port of Lisbon, where there is no field data available. Like in other coastal areas worldwide, navigation routes and strong currents are an obstacle to find strategic locations for wave-rider stations. Model results reveal the sheltering effects of the existent submerged sand bars in the estuary entrance against small frequency wave energy entering through the navigation channel. High frequency incoming waves are less susceptible to dissipate energy through the process of wave breaking over the bars, thus causing higher disturbance into the channel.

The efficient resolution of the boundary layers occurring in geophysical flows has motivated the search for criteria to optimize the vertical nodal placement in three-dimensional shallow water models. This paper describes the implementation and testing of an adaptive grid technique for the internal mode of shallow water models. The technique uses an r-method in which the nodes are moved vertically based on the velocity gradients between consecutive nodes. One-dimensional tests show that the method behaves well in tidal- and wind-driven flows, both in well-mixed and stratified conditions. Average accuracy improvements of 50% were obtained relative to uniform grids, with a 15% CPU time increase. The adaptive technique accounts accurately for the space and time variability of the flow, thus being attractive for any type of problem. Furthermore, the technique does not require an a priori knowledge of the flow conditions, thus simplifying greatly the modeling procedure. Keywords: adaptive grid, shallow water model, three-dimensional, vertical discretization.

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Abstract:This work aims at determining extreme water levels associated with different return periodsthrough the development and application of a circulation model for tides and surges. The modelcovers a large portion of the NE Atlantic, and has a resolution of 250 m in the Portuguese shelf. Themodel was extensively validated for tides, surges and extreme sea levels. In the Portuguese shelf,RMS errors of tides are of the order of 5 cm, and the model under-estimates extreme water levels byabout 10 cm. Simulation of water levels between 1979 and2010, followed by a statistical analysis ofthe results, provided the relation between return periods and extreme levels along the Portuguesecoast. Results reveal the growth of extreme water levels from south to north.

Pretende-se compreender a dinâmica de trocas de nutrientes, clorofila e material particulado entre a Ria Formosa e o oceano, e a influência dos principais forçamentos (e.g. maré) nesta dinâmica. A influência dosforçamentos ambientais na dinâmica de trocas Ria ± oceano foi estudada com um modelo hidrodinâmico (SELFE) e um de transporte (VELApart). Foram simulados diversos cenários de vento, batimetria e descarga de efluentes de estações de tratamento de águas residuais. Os resultados sugerem uma influência significativa do vento e da batimetria na exportação de matéria em suspensão para o exterior da Ria a escalas temporais curtas. O local de descarga dos efluentes das estações de tratamento de águas residuais combinado com o efeito da maré influencia a distribuição espacial da massa no interior da Ria e os tempos de exportação para o exterior. Os padrões de transporte estimados podem contribuir para melhorar a gestão da Ria Formosa.

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Floods in estuaries can be driven by differentforcingmechanismsfromocean andinland sourcesand areoftenaggravatedin urban areas by insufficient drainageconditions. Sea-level rise andextreme climate eventscan exacerbate water levelsinside theestuaries.Developments are being made to reducethe uncertainty offorecast tools in order to providereliableflood predictions that can support riskassessment and managementstrategies. The integration of historical events dataanalysisin hazard forecastingcancontribute to a betterknowledge ofthe dominantflooddriversandtoimprove thevalidationof the models.In the present work adata baseofhistorical flood events

When waves approach the shoreline, they are affected by the seabed and undergothrough several changes due to non-linear effects. . These local nonlinearities cause thewaves to transform, inducing changes at the free surface and on the near-bed oscillatory flow,which is directly linked to sediment transport. This paper provides further insights concerningthe influences of nonlinear waves on the bottom oscillatory boundary layer through the considerationof different analytical free-stream velocity descriptions for nonlinear waves. Theresults show important differences relatively to the structure of the boundary layer of sinusoidalflows. For example, acceleration-skewed flows reveal that the onshore velocity generatesthinner boundary layers and larger bed shear stresses. Moreover, the phase difference betweenthe free-stream velocity and the bed shear stress is also affected, being reduced withthe increase of the nonlinearities.

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Episodic and seasonal beach-dune system erosion, unlike long-term erosion, are, in general, followed by natural beach-dune recovery. This study, developed based on numerical modelling, is focused on the wind driven waves onshore and offshore induced sediment fluxes and resulting beach-dune morphological evolution, particularly on the underlying physics not yet fully understood, during episodic events of erosion-recovery. The objective is to improve the prediction capacity of the short to medium-term morphodynamic numerical model XBeach, particularly in what concerns the beach recovery phenomenon, and thus contribute to its credible application.

As áreas marginais estuarinas são, normalmente, densamente povoadas, possuindo atividadescom elevado valor económico e concentração de infraestruturas críticas. Os processos de inundaçãonestas áreas devem-se à conjugação de fatores como caudais fluviais, maré e eventos de sobrelevaçãometeorológica. A previsível subida do nível médio do mar (NMM) e o aumento da frequência deocorrência de eventos extremos são fatores relevantes na gestão destas zonas e que devem serconsiderados na definição de medidas de gestão, tal como definido na Diretiva Europeia deInundações. Este trabalho avalia a suscetibilidade à inundação da baía do Seixal, para diferentesperíodos de retorno e para um cenário extremo de subida do NMM. Os níveis de água foram obtidosatravés de modelação hidrodinâmica e implantados num Modelo Digital de Elevação com ainformação relativa ao uso do solo. Os resultados permitiram determinar a extensão das áreaspotencialmente inundadas por classe de uso do solo.

The present study consists on the analysis of the effect of the longshore variation of the frontal dune morphology in the beach-dune system morphodynamics during erosion events. Despite the predominance of the cross-shore component of the coastal processes under storm conditions, it is important to understand how the longshore gradient of such processes can affect the cross-shore component. The lack of field or laboratory data is an obstacle to the understanding of the underlying physics. Thus, this investigation is developed with a 2DH process-based numerical model. The morphology of the study zone is simplified in order to limit the complexity of the underlying physics and to be able to identify the driving processes more clearly. Initially, the bathymetry is uniform and only the frontal dune height varies alongshore. However, in time, as the dunes erode, only the topography above the foreshore becomes non-uniform, despite the volume of sediment extracted from the dune face which is transported seaward being higher for the highest dunes. Such sediment is stirred by the longshore current to the adjacent areas in front of the lowest dunes protecting these against erosion.

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The hydrodynamics and sediment dynamics of a low energy estuarine beach was analysed. The beach is subjected to local wind waves generated in an area of restricted fetch, wake waves generated by catamarans and a semi diurnal meso-tidal regime. Only storm events of short duration modify the beach profile, which, once the normal hydrodynamic conditions are restored, naturally recovers its initial shape. The beach is characterised by having a steep upper slope until mean sea level, followed, seaward, by a low gradient terrace, and a bimodal sediment distribution. To investigate the hydro sedimentologic beach behaviour, wind, topo-hydrographic and sedimentologic data were used as input and validation of process based numerical modelling. Wave generation and transformation in an area of restricted fetch, nearshore circulation, sediment transport and morphological evolution were simulated for average annual conditions and storm conditions. The statistical analysis of a six-year wind data series allowed to derive the average wind regime, based on which, the average annual wave regime and the average annual longshore sediment budget, 14.5x103 m3year-1, were calculated. The contribution of the individual components of the representative wave regime, discretised by directional sector and height class of incidence, was evaluated as well as the spatial distribution of the longshore sediment transport in the active part of the beach profile. The characteristics of the wave groups generated by the passage of catamarans at different speeds were estimated and their action on the beach morphology was simulated. Although when the catamarans travel at 20 knots speed the average annual wake wave energy dissipated at the beach is 2.5 times higher than the average annual wind wave energy, the erosion effect on the beach profile is still not relevant for the present traffic. In opposition, short duration storm events generate the formation of an erosion scarp at the upper part of the beach face. The numerical modelling of this phenomenon allowed to acknowledge on the protective effect that the low gradient terrace has on the beach face.

A presente tese tem como objetivo melhorar a gestão dos sistemas de distribuição de água através da utilização de métodos probabilísticos e estatísticos para analisar os dados de contadores inteligentes. Assim, é proposta uma metodologia para avaliação da incerteza em medições de caudal dinâmicas, baseada apenas nas próprias medições, no método de bootstrap por blocos e no ajustamento de um modelo adequado aos dados em estudo. De seguida, é desenvolvida uma metodologia de amostragem probabilística estratificada dos clientes para identificação de uma amostra representativa onde deverão ser instalados contadores inteligentes, sendo os estratos definidos pelos grupos obtidos numa análise de clusters baseada em dados de faturação. É ainda apresentada uma metodologia para a decomposição¸ de séries temporais de caudal em consumo autorizado, consumo não autorizado, roturas e perdas, utilizando técnicas de suavização de séries temporais e análise do espetro singular (singular sprectum analysis). Por último, são testados alguns métodos robustos e de analise funcional para deteção de valores anómalos em series temporais de caudal.

A compreensão dos impactes das alterações climáticas é fundamental para agestão a longo do prazo dos ecossistemas estuarinos. Esta compreensão sópoderá ser efectiva considerando a variabilidade climática natural e o papelrelativo das intervenções antropogénicas nestes ecossistemas. Assim, apresente dissertação analisa a influência das alterações climáticas e pressõesantropogénicas na qualidade da água e dinâmica ecológica da Ria de Aveirocom base numa abordagem integrada, que combinou a análise de sériestemporais dos últimos 25 anos e a modelação numérica de elevada resoluçãode cenários futuros de alterações climáticas e intervenções antropogénicas.A componente de modelação de qualidade da água e ecológica foi melhoradaa vários níveis. A análise de sensibilidade do modelo 3D hidrodinâmicoecológicoECO-SELFE aplicado à Ria de Aveiro e a revisão das constantes desemi-saturação para absorção de nutrientes pelo fitoplâncton contribuírampara a precisão e robustez das aplicações. A concentração do fitoplâncton foisignificativamente influenciada pelas taxas de crescimento do fitoplâncton e demortalidade e excreção do zooplâncton, e apresentou uma sensibilidadereduzida à variação das constantes de semi-saturação na gama identificadapara as diatomáceas. O acoplamento do ECO-SELFE a um modelo de campopróximo e a integração do ciclo do oxigénio aumentaram a sua capacidade derepresentação dos processos e das escalas espaciais relevantes. A validaçãodo ECO-SELFE foi realizada com base num conjunto de campanhasespecíficas realizadas no canal de Mira. Os padrões espaciais e temporaisobservados para as várias variáveis (clorofila a, nutrientes, oxigénio dissolvido,salinidade, temperatura da água, correntes e níveis) foram simulados comerros menores ou semelhantes aos obtidos neste tipo de aplicações.A análise dos padrões de variabilidade espacial e temporal da qualidade daágua e ecológica na Ria de Aveiro a diferentes escalas, efectuada com basenos dados históricos de 1985 a 2010 complementados pelas campanhasrealizadas, sugeriu uma influência combinada da variabilidade climática e dasacções antropogénicas. Os cenários futuros de alterações climáticas eintervenções antropogénicas simulados evidenciaram uma influência maissignificativa das alterações climáticas quando comparadas com os efeitos dasacções antropogénicas analisadas. As variações mais significativas sãoprevistas para os cenários de subida do nível do mar, seguidos dos cenáriosde alterações dos regimes hidrológicos, evidenciando o papel da circulação(maré e caudal fluvial) no estabelecimento da qualidade da água e dinâmicaecológica na laguna. Para os cenários de subida do nível do mar são previstosdecréscimos significativos da clorofila a e dos nutrientes a jusante e nas zonasintermédias do canal, e um aumento significativo da salinidade a montante.Estas alterações poderão favorecer modificações da composição e distribuiçãodas comunidades, afectando a cadeia alimentar e causando uma progressãopara montante de espécies marinhas. Os resultados sugerem ainda que osefeitos poderão ser mais significativos em estuários pouco profundos.

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A temática dos derrames de hidrocarbonetos continua a ser um assunto de extremaimportância dados os graves impactes continuadamente causados no meio marinho. O desenvolvimentode ferramentas para auxilio às autoridades responsáveis pela gestão costeirano combate e mitigação deste tipo de acidentes é prioritário nos planos estratégicos governamentais.Neste trabalho propõe-se um novo sistema integrado de análise de hidrocarbonetos desenvolvidopara aplicação a derrames em zonas costeiras, portuárias e oceânicas. Desenvolveuseuma nova metodologia baseada na sinergia da modelação numérica com a detecção remotapor satélites. Este sistema integra uma componente de modelação numérica flexível(2D/3D) e um novo algoritmo de segmentação de manchas de hidrocarbonetos observadasem imagens SAR. O algoritmo de detecção remota foi concebido para validar os resultadosdo sistema de modelos. O sistema de modelação baseia-se numa abordagem Euleriana-Lagrangeana para a resolução dos processos de evolução dos hidrocarbonetos, utilizandomalhas não-estruturadas para a representação dos domínios de estudo numa perspectivamulti-escala. O modelo de hidrocarbonetos inclui a maioria dos processos relevantes numderrame à superfície e na coluna de água e inclui um novo algoritmo para a retenção costeiraque considera a dinâmica intertidal para aplicação a domínios praias, lagunas e estuários.Realizaram-se diversas aplicações sintéticas e reais que comprovaram a precisão, robustez,fiabilidade e flexibilidade do sistema integrado, com custos computacionais e níveisde complexidade variável. A aplicação do sistema ao caso Prestige permitiu demonstrarque a sinergia entre a modelação numérica e a detecção remota é uma mais-valia para aprevisão de derrames de hidrocarbonetos no mar e serviu como base para uma análise qualitativada influência da precisão da previsão do vento como agente forçador.Futuramente, o sistema poderá ser aplicado na optimização de planos de contingência,sustentando análises de risco, e em sistemas de alerta e aviso para acidentes de poluição.

As margens estuarinas são constituídas por diversos elementos morfo-sedimentares, interdependentes entre si através de processos hidrodinâmicos, sedimentares, morfológicos e ecológicos. Estas características conferem à zona marginal do estuário uma sensibilidade particular a desequilíbrios entre o suporte morfológico e sedimentar e à acção dos agentes hidrodinâmicos, climáticos e antrópicos. A presente tese contempla o estudo da evolução morfo-sedimentar de margens estuarinas, procurando identificar as condições genéticas, caracterizar e quantificar os processos evolutivos actuais e passados. A área em estudo situa-se na margem sul do estuário interno do Tejo, entre Alcochete e Cacilhas, incluindo a restinga do Alfeite e a baía do Seixal. Efectuou-se a caracterização hidrodinâmica, morfológica e sedimentar da região em estudo e a avaliação dos padrões evolutivos à mesoescala e microescala. O estuário do Tejo é caracterizado por extensas zonas intertidais constituídas por rasos de maré e sapais. Estas áreas são alimentadas por sedimento em suspensão de origem fluvial, redistribuído pelas correntes de maré. Contrastando com o predomínio da sedimentação essencialmente silto-argilosa, surgem na margem sul praias e restingas de natureza arenosa que indicam a actividade de ondas de geração local. A morfologia da restinga do Alfeite evidencia a actividade de ondas, quer na sua formação, quer na sua evolução temporal. A sua instalação, há cerca de 500 anos atrás, terá correspondido a um episódio de mobilização considerável de material grosseiro proveniente de fontes sedimentares próximas - as rochas detríticas miocénicas e pliocénicas. A instalação da restinga proporcionou a manutenção de um ambiente de baixa energia, constituído por rasos de maré e sapais (baía do Seixal). O clima de agitação local está sobretudo relacionado com as nortadas, devido às maiores distâncias de fetch associadas e à intensidade mais elevada dos ventos daquele quadrante. O clima de agitação médio, obtido através de um modelo de previsão da agitação, caracteriza-se por alturas significativas de onda entre 0,2 e 0,4 m e por períodos de zero ascendente de 2 s. Em condições extremas a altura significativa de onda pode atingir 1,3 m. As ondas de geração local no estuário interno têm capacidade para causar a ressuspensão, transporte e acumulação de areias na margem sul, virada às direcções de fetch mais longo. Identificaram-se dois domínios principais de transporte longitudinal, envolvendo um caudal sólido semelhante de 20 000 - 30 000 m3/ano. Estes resultados concordam como as direcções de desenvolvimento e de progradação das restingas de areia. O padrão de dispersão de material sedimentar concorda também com a localização de fontes sedimentares potenciais. A restinga do Alfeite mostra uma variação morfológica evidente nos últimos 150 anos, dominada pelos processos de erosão e envolvendo a redução da área da praia em cerca de 15 ha. As modificações mais importantes ocorreram no período 1930-1979, com uma taxa de erosão média de 0,3 ha/ano, que coincidiu com intensa intervenção antrópica no sistema envolvendo alteração dos balanços sedimentares locais. As taxas de erosão obtidas através da análise evolutiva à mesoescala concordam com os volumes sedimentares avaliados para a deriva litoral local. O padrão evolutivo à microescala da praia do Alfeite mostra igualmente um comportamento particular de resposta a alterações hidrodinâmicas locais e à acção antrópica. O padrão de evolução à mesoescala e microescala da baía do Seixal sugere uma diferença acentuada entre o comportamento das zonas subtidal e intertidal inferior, com alguma dominância dos processos erosivos (com uma taxa de erosão média de 1-2 cm/ano), e o da zona supratidal com taxas de sedimentação relativamente elevadas (1cm/ano). O modelo morfo-sedimentar proposto para a baía do Seixal é essencialmente um modelo de redistribuição de sedimentos entre os rasos de maré superiores e sapais e os canais; resulta a selecção natural entre siltes grosseiros e areia e uma fracção mais fina com componente orgânica importante. À macroescala, o modelo evolutivo proposto será interrompido por episódios de entrada excepcional de material, principalmente através da rede hidrográfica local, associados a eventos extremos. As margens estuarinas são particularmente sensíveis a alterações extremas dos balanços sedimentares locais, sendo clara a interdependência entre a evolução morfológica e a interferência antrópica no sistema.

Os estuários são sistemas ricos em recursos naturais e de grande fragilidade ecológica. O seu uso, como suporte de múltiplas actividades, faz com que seja necessário definir planos de gestão destinados a compatibilizar tais utilizações, salvaguardando o equilíbrio ecológico e a saúde pública. Reviram-se os conceitos de estuário, suas características e tipos. Identificaram-se princípios e metodologias para a sua gestão, que requerem o uso de instrumentos, dentre os quais são objecto central do presente estudo os sistemas de indicadores ambientais. O modelo de enquadramento adoptado foi o de Pressão Estado Resposta. As aplicações do conceito de indicador ambiental a estuários são recentes e limitadas, devido à especificidade destes sistemas, em particular, da coexistência de escalas de tempo distintas no controlo dos processos hidrodinâmicos e das suas características bio-geo-químicas. A caracterização ambiental dum estuário requer a aplicação de uma metodologia que inclui, além de informação de contexto, a identificação das zonas homogéneas, definidas com base em critérios morfológicos, de salinidade e de gestão, e das escalas de tempo relevantes, para definir os domínios de integração espacial e temporal das variáveis observadas, que conduzem aos valores significativos. A estes é removida a dimensão, sendo normalizados por aplicação de operadores algébricos e gráficos, inferindo-se a conformidade com a qualidade ambiental a partir dos valores dos indicadores normalizados. A metodologia inclui a definição de classes de qualidade. A metodologia foi ensaiada no estuário do Tejo. A sua caracterização, cobrindo as temáticas da eutrofização e estado de oxigenação, da qualidade estética e da contaminação bacteriológica e por xenobióticos, demonstrou a exequibilidade do método. Os resultados, se bem que de interesse relativo por recorrerem a dados heterogéneos e, por vezes, sem actualidade, revelam um estuário com baixa susceptibilidade à poluição, onde o incumprimento das normas de emissão pelas fontes poluentes era dominante. Porém, o estado do estuário revelou-se, em grande parte da sua extensão, bom ou excelente relativamente a alguns parâmetros, embora tenham sido identificadas situações de não conformidade. A metodologia é, assim, exequível, mesmo quando aplicada a um estuário complexo como o Tejo, e capaz de diferenciar situações de qualidade ambiental distintas. Constitui um instrumento de gestão útil para o apoio ao planeamento de programas de monitorização, para a sistematização da informação e para a comunicação clara com os responsáveis pelas decisões e com o público.

Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) are increasingly used to simulate groundwater and surface water transport and water quality, largely due to their ability to use large time steps and to formally decouple processes with distinct time scales. Yet, two severe limitations remain: (1) ELMs do not inherently conserve mass, AND (2) in multiple dimensions, robust implementations of "higher-order" ELMs are expensive. Our research focused on the understanding of the main sources of errors in ELMs. We analyzed systematically the impact and relative importance of tracking errors, integration errors and forcing by non-conservative flow fields, on measures of mass conservation, overall accuracy and stability. From this analysis, we propose new methodologies and general guidelines towards mass conservative, globally accurate and stable multi- dimensional ELM transport simulations in estuarine and coastal regions. We performed a pioneering study of the influence of tracking errors, demonstrating their very strong negative impact on mass conservation, overall accuracy and stability. Low-order tracking methods are strongly discouraged in the presence of complex flow fields, typical of estuaries, because they are too inaccurate to allow overall mass balance and phase preservation, and they lead to potential instability. We show that the evaluation of the integrals at the feet of the characteristic lines is an important source of mass and overall errors, which can be controlled through grid refinement. To avoid such errors, we develop a new method that combines the flexibility and local mass properties of control volume finite element methods (CVFE), with a new quadrature integration technique. Subdivision quadrature overcomes stability constrains of traditional quadratures and allows for easy implementation in multiple dimensions. We find subdivision quadrature CVFE-ELMs to be an attractive alternative to current finite element ELMs in estuaries and coasts. Non-conservative flow fields are the primary concern for estuarine and coastal applications because ELMs cannot mitigate their effect without jeopardizing overall accuracy. We found bathymetric gradients and complex geometry to be the main sources for flow mass errors, and grid refinement to be inadequate to eliminate them. Consequently, mass imbalances in ELM solutions cannot be removed by grid refinement. Control volume finite elements and conservative-equation-based formulations are equally ineffective in the presence of a non-conservative flow. The problem needs to be addressed at the source, i.e., the circulation models that generate the flows. A detailed analysis of residence times illustrates the importance of improving numerical models, and provides new insights on the variability of residence times in estuarine systems. A new methodology is proposed, which emphasizes the importance of local analysis of residence times to understand the fluxing properties of a complex system, while providing an alternative approach to traditional bulk evaluations of residence times. Key Words: Flow mass conservation. Transport Mass conservation. Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Finite Volumes. Finite elements. Accuracy Analysis. Residence Times.

The thesis deals with the numerical modelling of random wave propagation in the nearshore region. The mathematical modelling is based on the mild - slope equation.The mild - slope equation has been considered in a linear elliptic form in order to take into account wave refraction, diffraction, and reflections, and therefore to allow for the applicability of the model without constraints even to areas like harbours where reflections play an important role. Owing to the fact that we are dealing with a boundary value problem, the mathematical methods for solving the linear system of equations generated after discretising the governing equation and the boundary conditions imposed are fundamental to developing an efficient numerical model. A range of mathematical methods for solving the linear elliptic form of the mild-slope equation as well as a range of appropriate radiation boundary conditions are analysed, implemented and compared. Comparisons with available results, experimental and numerical, for different cases of study, validate the model for monochromatic waves.To overcome the difficulty of applying the linear elliptic model over large areas, a multigrid technique was deployed in a numerical model of a non-linear transformed form of the mild-slope equation in order to accelerate convergence. This technique was applied to a range of iterative solvers and satisfactory results were obtained.A numerical model of a hyperbolic form of the mild-slope equation, an initial value problem, was also developed and extended in order to test a range of radiation boundary conditions. Results show that "sponge layers" provide the best means of dealing with radiation type boundary conditions.The elliptic model was then further developed by extending it to random waves using the concept of superposition of spectral components. The importance of frequency and directional spreading was investigated. Based on the energy balance equation the phenomenon of breaking of irregular waves in the surf zone was incorporated, using two different approaches, in the model which was applied to cases that had been experimentally studied before. The results from this part of the work are unique and demonstrate the practical usefulness of the model.

STERNA é um sistema de modelos matemáticos para a simulação de processos hidrodinâmicos e de qualidade da água em estuários não-estratificados. Este sistema é constituído pelo modelo hidrodinâmico MOHID, previamente existente, e por um modelo de transporte e por um conjunto de módulos de qualidade da água, desenvolvidos no decurso deste estudo. As equações de conservação da massa e de conservação da quantidade de movimento, do modelo hidrodinâmico, e a equação de advecção-difusão, do modelo de transporte, são resolvidas pelo método das diferenças finitas, a partir de uma formulação bidimensional (2D), integrada na vertical.Descreve-se a aplicação do sistema STERNA ao estuário do Tejo. Os resultados são comparados com observações efectuadas em campanhas do "Estudo Ambiental do Estuário do Tejo". Estas observações compreendem: a) séries temporais de correntes, salinidade, temperatura e sedimentos em suspensão, com cerca de 24 horas de duração; b) séries de valores mensais de salinidade, temperatura, clorofila-a, fosfato, amónia, nitrato, CBO e oxigénio dissolvido, com 4 anos de duração. Verifica-se, para a generalidade dos parâmetros, uma concordância satisfatória entre observações e resultados dos modelos.Os dados de campo e o sistema de modelos proposto servem de suporte a uma análise das características do ambiente no estuário do Tejo. Discutem-se, em particular: as trocas de maré entre o estuário e o exterior; a importância da estratificação de densidade; os fluxos de calor através da superfície; os mecanismos de formação da zona de turvação máxima; os factores responsáveis pela limitação da produção primária fitoplanctónica; os processos envolvidos no ciclo do fósforo e do azoto; e a ocorrência de défices de oxigénio. Conclui-se pela importância de uma abordagem integrada no estudo dos processos estuarinos.Palavras-chave: Modelos matemáticos; método das diferenças finitas; hidrodinâmica de estuários; qualidade da água; estuário do Tejo.

Although three-dimensional (3D) modeling of coastal and estuarine flows is becoming common, several limitations remain related to our ability both to describe and to numerically simulate the correct physics. Two key limitations concern vertical resolution: the lack of flexibility of current methods for vertical discretization prevents the optimal use of computational resources, and guidelines for vertical nodal placement are not available.The major contribution of this thesis is the development, analysis and test of an approach that allows for an unprecedented flexibility in the vertical refinement of the domain. This approach, which we refer to as localized sigma coordinates (LSC), is the first to allow the number of nodes per vertical to vary horizontaly, and can therefore be considered a natural extension to the use of unstructured grids in the horizontal.To take advantege of the LSC, we perform the first systematic study for the vertical discretization in barotropic tidal flow simulations. The resulting optimal grid can reduce the errors relative to a uniform grid by over an order of magnitude and compares favorably with non-uniform grids previously proposed. A criterion to guide the horizontal distribution of the total number of nodes is proposed and discussed in the context of simple one- and two-dimensional models, and is then extended to three dimensions. Accounting for advection in three dimenions forces modifications to the criterion, but the overall concept proved to be useful: using a variable number of nodes per vertical reduces the maximum velocity errors by a factor of two.As part of our analysis of the LSC, we investigate the evaluation of the horizontal gradients in sigma-coordinate shallow water models. We show that horizontal gradients should be computed in sigma rather than z-coordinates, and that the so-called hydrostatic inconsistency typically associated with sigma coordinates does not correspond to a numerical inconsistency. The large errors associated with the evaluation of horizontal gradients can be by-passed through appropriate horizontal resolution, and a procedure to define this resolution is proposed based on results from a truncation error analysis.An application to the Tagus estuary demonstrates the enhanced accuracy provided by the LSC, and provides new insights into the estuarys 3D barotropic circulation. Strong residual currents (depth-averaged eulerian residual velocities of up to 0.5 m/s) are generated by advective accelerations and have a major impact on the mixing characteristics at the mouth of the estuary. The assymetry between ebbing and flooding promotes exchanges between marine and estuarine waters, while he interaction between tidal and residual flows leads to strong chaotic stirring.The good performance of the LSC in a complex application establishes this method as an attractive alternative to the traditional sigma- and z-coordinates.

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