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The effects of tidal flats on the hydrodynamics of the Tagus estuary are analysed using an accurate high-resolution shallow water model, supported by field data. Tidal flats act mainly as filters, rather than sinks, transferring energy from astronomic to non-linear frequencies. Tidal flats also play a major role in determining the strong resonance mode that amplifies semi-diurnal constituents.We show that the upper estuary, with extensive tidal flats, has an increasing accretion rate. This "filling-up" results from a positive feedback between sediment deposition and the hydrodynamics: accretion in the upper estuary increases the duration of ebbs, decreasing sediment flushing, and further increasing accretion.

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An efficient numerical model of the mild-slope equation, describing water wave propagation (combined refraction-diffraction), based on robust iterative methods is presented. The elliptic formulation (boundary value problem) of the governing equation is selected for numerical treatment because it is particularly suited to complex wave fields like those encountered inside harbours. The requirement that the computational model be capable of dealing with large problem domains is addressed by implementing and testing two iterative solvers, both belonging to the family of Krylov subspace methods. The two solvers are based on the Stabilised Bi-Conjugate Gradient Method (Bi-CGSTAB) and the Generalised Minimum Residual (GMRES) method. The performance characteristics of the solvers are established using results for two standard test cases widely used as benchmarks in coastal modelling. It is shown that the Bi-CGSTAB algorithm has a considerably better convergence rate than the GMRES algorithm and, moreover, it is faster and more efficient than other published methods for the same problem.

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We investigate the effect of tracking errors on the accuracy and stability of Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) for the solution of the transport equation. A combination of formal analysis and numerical experimentation demonstrates that the effect is severe. Even moderate tracking errors substantially affect the preservation of the zeroth, first and second moments of concentration ( mass, phase and diffusion) and may lead to the instability of otherwise stable and very accurate ELMs. The use of accurate tracking algorithms is strongly recommended for Eulerian-Lagrangian simulations involving complex flows. Key Words: Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Tracking methods. Mass conservation. Numerical experimentation. Accuracy

Three-dimensional simulations of barotropic tides are used to investigate the complex circulation at the mouth of the Tagus estuary. Comparison with field data shows that elevations are well represented in the main area of interest, but velocities are slightly over-predicted due to a simplified treatment of intertidal flats. Model results show the existence of strong velocity phase lags (up to 1.75 hours for the semi-diurnal constituents) between the shallow areas and the deep channel. These phase lags are partially responsible for the generation by advective accelerations of a strong residual velocity field (velocities reach 0.5 m/s -1) with well defined eddies. The interaction between the residual and tidal velocity fields in turn generates strong chaotic stirring.Localized sigma coordinates (LSC), a recently proposed method which allows the number of nodes per vertical to vary horizontally, are used for the first time in a three-dimensional application. A previously proposed criterion for the horizontal distribution of the total number of vertical nodes is shown to be inadequate when advective accelerations are important. However, with an alternative criterion, the use of LSC reduces maximum errors by a factor of two relative to traditional sigma coordinates.

The variability of estuarine residence times is elucidated through accurate, diagnostic numerical tracking of a large number of particles, complemented with statistical analysis. Residence times are shown to have strong spatial and temporal variability, which is accentuated by exchanges between the estuary and the coastal ocean due to chaotic stirring at the mouth. The concept of a single residenc time per estuary, while convenient from both ecological and engineering viewpoints, is therefore shown to be an oversimplification. Maps of residence times and cumulative histograms are examined as alternatives. The former are attractive only for once-through tracers, while the latter appear useful over a broader range of tracer characteristics. Key Words: Residence Times Tejo estuary

Evaluating horizontal gradients in three-dimensional shallow water models that use bottom-following sigma coordinate can lead to large errors near steep bathymetry. A technique that has been proposed to minimize this problem involves computing horizontal gradients in cartesian coordinates, while treating all other terms in a sigma-coordinate framework. We study this technique through both truncation error analysis and numerical experimentation, and compare it to the direct application of sigma coordinates. While the cartesian coordinate method can be more attractive when horizontal gradients are zero, the sigma coordinate method can be more accurate in other physically relevant situations. Also, the cartesian coordinate method introduces significant numerical diffusion of variable sign near the bottom (where physical diffusion is particularly small), thus potentially leading to instabilities. Overall, we consider the sigma coordinates to be the best approach.

We propose an empirical law for vertical nodal placement in tidal simulations that depends on a single parameter, p. The influence of dimensionless numbers on the optimal value of p is analysed through a series of numerical experiments for an individual vertical, and a single value of p is found to be adequate for all cases. The proposed law can lead to gains in accuracy of over two orders of magnitude relative to a uniform grid, and compares favorably with non-uniform grids previously used in the literature. In practical applications, the most effective use of this law may require each vertical to have a different number of nodes. Criteria for the distribution of the total number of nodes among different verticals are also proposed, based on the concept of equalizing errors across the domain. The usefulness of the overall approach is demonstrated through a two-dimensional laterally-averaged application to a synthetic estuary. Key words: Vertical discretization. Sigma coordinates.Localized sigma coordinates. Tidal flow. Numerical experimentation.

Resumo: A propagação das ondas junto à costa envolve processos como, por exemplo, oempolamento, rebentação e dissipação das ondas. A partir da teoria linear, podem-se estabelecerequações que descrevem o empolamento da onda através das características da onda ao largo (altura eperíodo). Recentemente foram propostas expressões que têm em consideração a amplitude finita daonda. Adicionalmente, o processo de rebentação da onda ocorre quando esta se torna instável, o quedepende da profundidade e do declive de fundo, e contribui de forma significativa para a dissipação daenergia da onda. Este trabalho pretende testar a validade de algumas equações encontradas naliteratura para o coeficiente de empolamento, rebentação e a dissipação da onda mediante acomparação com um conjunto de dados experimentais obtidos num canal de ondas.

A análise da evolução de um conjunto significativo de canais e barras da Ria Formosa, efectuada combase em levantamentos hidrográficos e em fotografia aérea, indica que, entre 1980 e 2011, nas áreas abrangidas,se verificou uma perda de sedimento da ordem de 12 x 106 m3, em resultado de dragagens realizadas quer noscanais de navegação, quer em outros canais do sistema lagunar. Os canais interiores aparentam, na ausência deintervenções, uma relativa estabilidade. Pelo contrário, as barras naturais, tendo sofrido ou não intervenções,estão sujeitas a rápidas alterações morfológicas que condicionam a evolução dos trechos dos canais de maré maispróximos. A barra da Armona constitui um caso particular, pela manutenção da tendência de forte redução delargura registada nas últimas décadas

O estuário do Tejo é o maior da Europa, com cerca de 320km2 de superfície e 80km decomprimento até ao limite da maré dinâmica. É composto por um domínio interno pouco profundo(<10m), dominado pela maré, conectado ao domínio externo, dominado pelas ondas, por um canalprofundo (cerca de 40m) controlado estruturalmente. Os sedimentos do estuário interno provêmmaioritariamente da erosão das rochas pré-mesozoicas (predominantemente granitóides, folhelhos,xistos, metagrauvaques) da bacia ibérica do Tejo (81000km2); constituem fonte secundária osmateriais sedimentares meso-cenozóicos de bacias hidrográficas menores e que drenamdirectamente para o estuário (calcários, margas e principalmente argilas e arenitos). Os sedimentosde fundo são essencialmente vasosos nas áreas subtidais e intertidais (incluindo sapais e rasos demaré) e arenosos nos canais e em algumas praias e restingas. O domínio intertidal ocupa 130km2,dos quais 20km2 correspondem a sapais colonizados por vegetação halófita característica (Spartinamaritima, Halimione portucaloides, Sarcocornia fruticosa e Sarcocornia perennis). Alguns destessapais são marginais, expostos a ondas de geração local (e.g. Pancas, Trancão), enquanto outrosse formaram ao abrigo de restingas (e.g. Corroios). O sapal de Pancas situa-se na margemesquerda do estuário, próximo da desembocadura do rio Sorraia, e o do Trancão na margem direita,mais para jusante, na desembocadura do rio Trancão; o sapal de Corroios situa-se também namargem esquerda, no interior de uma baía definida pelo vale colmatado do rio Judeu e por elealimentada em sedimentos finos.A acreção dos sapais é fortemente controlada pelos tempos de submersão, regulados pelasucessão de níveis da maré que, em ambientes confinados e rasos, pode apresentar distorções defase importantes. Com o objectivo de conhecer o historial de acreção recente e projectar no futuro aevolução morfológica das margens estuarinas num cenário de subida do nível do mar decorrente dealterações climáticas, determinaram-se as taxas de sedimentação em cada um destes locais. Paratal, colheram-se três testemunhos de sondagem curtos (1.2 a 1.65m) com amostrador van derHorst, que foram amostradas a cada centímetro para determinação do perfil de variação em 137Cse 210Pb, caracterização textural e composicional. Os resultados indicam tratar-se de sedimentossilto-argilosos com teores de matéria orgânica crescentes para o topo (de 5-7% para 10-17%) eteores de carbonato de cálcio (0 a 6%) relacionados com conchas e fragmentos de conchas. Astaxas de acreção determinadas excedem em todos os casos a taxa de subida do nível do mar noúltimo século (0.2 a 0.3 cm/ano - registo do marégrafo de Cascais) e são mais elevadas no sapallocalizado a montante: Pancas

Due to their sheltered conditions and natural resources, estuaries were always attractive to human activities (industrial,agriculture, residential and recreation). Consequently, the complex interactions between anthropogenicand natural drivers increase estuarine shoreline vulnerability to climate changes impacts. The environmental sustainabilityof these systems depends on a fragile balance between societal development and natural values thatcan be further disturbed by climate change effects. This challenging task for scientific community, managers andstakeholders can only be accomplished with interdisplinary approaches.In this context, it seems clear that estuarine management plans should incorporate the concept of change into theplanning of policy decisions since these natural dynamic areas are often under human pressure and are recognizedas sensitive to climate change effects. Therefore, the knowledge about historical evolution of estuarine shoreline isimportant to provide new insights on the spatial and temporal dimensions of estuarine change.This paper aims to present and discuss shoreline changes due to human intervention in Tagus estuary, located on thewest coast of Portugal. Detailed margins cartography, in a 550m fringe (drawn inland from the highest astronomicaltide line), was performed based on 2007 orthophotos (spatial resolution of 0.5 m) analysis. Several classificationcategories were considered, as urbanized areas, industrial, port and airport facilities, agriculture spaces, green areasand natural zones. The estuarine bed (area bellow the highest astronomical tide line) was also mapped (includinghuman occupation, natural habitats, morpho-sedimentary units) based on the geographic information above andLANSAT 7 TM+ images using image processing techniques. Aerial photographs dated from 1944, 1946, 1948,1955 and 1958 were analyzed for a set of pilot zones in order to fully understand the decadal shoreline change.Estuarine bed presents an extensive intertidal area (146 km2), that includes 13% of salt marshes and 1% of beaches.Anthropogenic structures such as salt pans, old tide mills or aquaculture installations cover 15% of the intertidalzone.Margins cartography indicates that natural areas (i.e regions that still preserve their natural characteristics) correspondto 1% of margins total area (130 km2), indicating that Tagus estuary has undergone great anthropogenicchange. The most important occupation types are the agriculture parcel (35%) and the urban area (34%). Industrialzones, ports and airports facilities cover 24% and green spaces (areas with vegetation in urban and non-urbanzones, gardens, and leisure facilities) extend for 6%.Preliminary results confirm that estuarine shoreline changes during the last 60 years are mainly related with thedirect effect of human activities in the intertidal zone, which promoted the loss of natural areas such as beachesand salt marshes. Nevertheless, few examples of natural recovery of abandoned areas by salt marshes can occurwithin the studied period.This paper brings to light the knowledge about the anthropogenic role in Tagus estuarine shoreline decadal evolution,providing valuable information in future climate change effects since it indicates that human occupation canbe a barrier to the estuarine system natural response. Furthermore it points out the relevance of planning occupationstrategies in these areas.

Aplicouseuma metodologia de avaliação da dinâmica sedimentar de praias paradiagnosticar a causa do problema de sedimentação à entrada do porto de Vila Praia de Âncora einterpretar a sua evolução. Esta metodologia baseouseem monitorização e modelação matemática dadinâmica sedimentar das praias adjacentes a sul (praia de Âncora e praia da Gelfa). A monitorizaçãoda zona de estudo durante um período de 5 anos permitiu simular e interpretar, recorrendo a modelosde propagação da agitação marítima, transporte sedimentar, evolução da linha de costa emorfodinâmica, o funcionamento hidrosedimentarda zona de estudo, durante o período em apreço.As principais conclusões foram: o porto e praias adjacentes a sul constituem uma unidademorfológica, logo, requerem gestão integrada; a agitação marítima induz um padrão de transportesedimentar acentuadamente sazonal nesta unidade morfológica; a sedimentação à entrada do porto,localizada na zona ativa da praia, é irreversível sem intervenção humana

Neste trabalho apresentaseuma nova metodologia de determinação da suscetibilidade àação marítima, aplicada à Ria Formosa. Definiuseum índice de suscetibilidade que se baseia em 3subíndices:i) suscetibilidade ao galgamento, determinado através da comparação dos níveis máximosestimados do espraiamento, para diferentes períodos de retorno, com a cota atual do cordão dunar; ii)suscetibilidade à rutura do cordão dunar, avaliado com base na largura das ilhas barreira; iii)suscetibilidade ao recuo da linha de costa, estabelecido através da taxa de evolução da mesma,corrigida de acordo com o recuo estimado da linha de costa face à subida do nível médio no mar. Aaplicação desta metodologia ao sistema de ilhas barreira da Ria Formosa conduziu à identificação dezonas críticas que ameaçam a continuidade da estrutura arenosa da barreira.

As waves propagate from deep into shallow waters, they begin to interact with the sea floor and undergo through several changes due to non-linear effects. These interactions cause the waves to transform and become non-linear as they decelerate and finally break. These local nonlinearities are reflected on the near-bed oscillatory flow and are inextricably linked to sediment transport, causing erosion-accretion patterns and bar migration. In this work the ability of a practical transport model that includes the effects of velocity and acceleration skewness in the time-varying bed shear stress (Abreu et al., 2011) is assessed to predict sediment transport rates under oscillatory flows and currents. The results are compared with two different data sets obtained under sheet flow conditions, showing a good agreement with the measurements. Moreover, its performance to the undertow and to non-linear characteristics is further assessed. The practical sediment transport model is coupled to a simple bed-evolution model, enabling to evidence the relative strength of mechanisms associated with the wave and current induced sand transports. The results show that the formation of the bar and its migration is affected by a new term introduced in the bed shear stress predictor. This time-varying term accounts for the shape of the wave and is described through two non-linear parameters recently proposed in Abreu et al. (2010).This work provides further insights in the correct prediction of sediment transport modeling and sandbar developments, due to the combined influence of non-linear waves with undertow currents.

The wave regime has a strong influence on the sediment transport in coastal systems. Modifications in wave regimeinduced by climate changes can influence the sediment dynamics of those coastal systems. To access wave regimechanges it is crucial to analyse the future modifications in the wave height, period and direction. This work aims toanalyse the influence of a future wave regime in the sediment budget of a coastal lagoon inlet and at the nearshoreadjacent coast. To achieve this goal a morphodynamic modelling system was used, forced by present and futurewaves, corresponding to a typical year of present and future wave climates. A methodology to determine a typicalyear of each climate was developed based on the determination of correlation coefficients between each climate andcorresponding year data. The comparison between present and future wave climates evidences that wave period andheight are in general similar for both climates, and confirms the anticlockwise rotation of waves in the future. Themorphodynamic simulations revealed analogous results for both wave climates, resulting in similar patterns for theresidual sediment fluxes, but slightly more intense in the present. The consequent bathymetric changes show that thedeposition trend presently observed offshore the inlet tends to increase for future waves climate. The transportbudgets were also analysed for both wave regimes, evidencing that the alongshore transport slightly decreases (~1%)for future waves.

Les embouchures tidales permettent les échanges d

As inundações costeiras constituem uma preocupação crescente para as autoridades, o que temmotivado um esforço para simular estes acontecimentos extremos. Em suporte à futuraaplicação da nova directiva de avaliação e gestão dos riscos de inundações (2007/60/CE), foramdesenvolvidos mapas de inundação para a Ria de Aveiro. A Ria de Aveiro é uma laguna extensa(cerca de 45 por 10 km) e pouco profunda (profundidade média de 1 m), com pequenasafluências fluviais. No entanto, está exposta à agitação marítima intensa proveniente doAtlântico, assim como a sobre-elevações de origem meteorológica (storm surges), que podemexceder 1 m na embocadura. O presente artigo descreve a abordagem seguida nodesenvolvimento dos mapas de inundação.A primeira parte do artigo descreve a metodologia adoptada, incluindo as hipóteses de base e asua validação. Para definir as condições de fronteira para forçar um modelo de circulação, foidesenvolvido um novo método que permite determinar os níveis máximos e as séries temporaisassociadas para diferentes períodos de retorno, baseado na análise estatística de sériestemporais longas em estações costeiras. O método considera o efeito das marés, das stormsurges e do ciclo de 19 anos de variabilidade das marés, tendo em conta pequenas correlaçõesentre storm surges e marés. Os níveis extremos obtidos com este novo método convergem paraos 20 anos de dados disponíveis em Aveiro e são semelhantes aos produzidos por abordagensconvencionais. Relativamente a estas abordagens, o novo método tem a vantagem de produzirnão apenas os níveis extremos, mas também as séries temporais que os incluem, e que sãonecessárias para forçar o modelo de circulação.A segunda parte do artigo descreve a implementação e validação do modelo de circulação(SELFE) para a simulação da inundação na Ria de Aveiro. Salienta-se a construção semiautomáticade uma malha de elementos finitos que permite simular de forma eficiente umdomínio muito extenso e com a resolução adequada nos canais estreitos que controlam ahidrodinâmica da laguna. Os coeficientes de fricção nas zonas inundáveis são calculados a partirda ocupação dos solos definida na base de dados Corine Land Cover. A validação do modelo decirculação mostra uma precisão comparável ou superior a simulações anteriores para estesistema.Finalmente, apresentam-se os mapas de inundação para vários períodos de retorno, ecomparam-se com outros mapas desenvolvidos com base em abordagens alternativas.

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The hydrodynamics and sediment dynamics of a low energy estuarine beach was analysed. The beach is subjected to local wind waves generated in an area of restricted fetch, wake waves generated by catamarans and a semi diurnal meso-tidal regime. Only storm events of short duration modify the beach profile, which, once the normal hydrodynamic conditions are restored, naturally recovers its initial shape. The beach is characterised by having a steep upper slope until mean sea level, followed, seaward, by a low gradient terrace, and a bimodal sediment distribution. To investigate the hydro sedimentologic beach behaviour, wind, topo-hydrographic and sedimentologic data were used as input and validation of process based numerical modelling. Wave generation and transformation in an area of restricted fetch, nearshore circulation, sediment transport and morphological evolution were simulated for average annual conditions and storm conditions. The statistical analysis of a six-year wind data series allowed to derive the average wind regime, based on which, the average annual wave regime and the average annual longshore sediment budget, 14.5x103 m3year-1, were calculated. The contribution of the individual components of the representative wave regime, discretised by directional sector and height class of incidence, was evaluated as well as the spatial distribution of the longshore sediment transport in the active part of the beach profile. The characteristics of the wave groups generated by the passage of catamarans at different speeds were estimated and their action on the beach morphology was simulated. Although when the catamarans travel at 20 knots speed the average annual wake wave energy dissipated at the beach is 2.5 times higher than the average annual wind wave energy, the erosion effect on the beach profile is still not relevant for the present traffic. In opposition, short duration storm events generate the formation of an erosion scarp at the upper part of the beach face. The numerical modelling of this phenomenon allowed to acknowledge on the protective effect that the low gradient terrace has on the beach face.

A presente tese tem como objetivo melhorar a gestão dos sistemas de distribuição de água através da utilização de métodos probabilísticos e estatísticos para analisar os dados de contadores inteligentes. Assim, é proposta uma metodologia para avaliação da incerteza em medições de caudal dinâmicas, baseada apenas nas próprias medições, no método de bootstrap por blocos e no ajustamento de um modelo adequado aos dados em estudo. De seguida, é desenvolvida uma metodologia de amostragem probabilística estratificada dos clientes para identificação de uma amostra representativa onde deverão ser instalados contadores inteligentes, sendo os estratos definidos pelos grupos obtidos numa análise de clusters baseada em dados de faturação. É ainda apresentada uma metodologia para a decomposição¸ de séries temporais de caudal em consumo autorizado, consumo não autorizado, roturas e perdas, utilizando técnicas de suavização de séries temporais e análise do espetro singular (singular sprectum analysis). Por último, são testados alguns métodos robustos e de analise funcional para deteção de valores anómalos em series temporais de caudal.

A compreensão dos impactes das alterações climáticas é fundamental para agestão a longo do prazo dos ecossistemas estuarinos. Esta compreensão sópoderá ser efectiva considerando a variabilidade climática natural e o papelrelativo das intervenções antropogénicas nestes ecossistemas. Assim, apresente dissertação analisa a influência das alterações climáticas e pressõesantropogénicas na qualidade da água e dinâmica ecológica da Ria de Aveirocom base numa abordagem integrada, que combinou a análise de sériestemporais dos últimos 25 anos e a modelação numérica de elevada resoluçãode cenários futuros de alterações climáticas e intervenções antropogénicas.A componente de modelação de qualidade da água e ecológica foi melhoradaa vários níveis. A análise de sensibilidade do modelo 3D hidrodinâmicoecológicoECO-SELFE aplicado à Ria de Aveiro e a revisão das constantes desemi-saturação para absorção de nutrientes pelo fitoplâncton contribuírampara a precisão e robustez das aplicações. A concentração do fitoplâncton foisignificativamente influenciada pelas taxas de crescimento do fitoplâncton e demortalidade e excreção do zooplâncton, e apresentou uma sensibilidadereduzida à variação das constantes de semi-saturação na gama identificadapara as diatomáceas. O acoplamento do ECO-SELFE a um modelo de campopróximo e a integração do ciclo do oxigénio aumentaram a sua capacidade derepresentação dos processos e das escalas espaciais relevantes. A validaçãodo ECO-SELFE foi realizada com base num conjunto de campanhasespecíficas realizadas no canal de Mira. Os padrões espaciais e temporaisobservados para as várias variáveis (clorofila a, nutrientes, oxigénio dissolvido,salinidade, temperatura da água, correntes e níveis) foram simulados comerros menores ou semelhantes aos obtidos neste tipo de aplicações.A análise dos padrões de variabilidade espacial e temporal da qualidade daágua e ecológica na Ria de Aveiro a diferentes escalas, efectuada com basenos dados históricos de 1985 a 2010 complementados pelas campanhasrealizadas, sugeriu uma influência combinada da variabilidade climática e dasacções antropogénicas. Os cenários futuros de alterações climáticas eintervenções antropogénicas simulados evidenciaram uma influência maissignificativa das alterações climáticas quando comparadas com os efeitos dasacções antropogénicas analisadas. As variações mais significativas sãoprevistas para os cenários de subida do nível do mar, seguidos dos cenáriosde alterações dos regimes hidrológicos, evidenciando o papel da circulação(maré e caudal fluvial) no estabelecimento da qualidade da água e dinâmicaecológica na laguna. Para os cenários de subida do nível do mar são previstosdecréscimos significativos da clorofila a e dos nutrientes a jusante e nas zonasintermédias do canal, e um aumento significativo da salinidade a montante.Estas alterações poderão favorecer modificações da composição e distribuiçãodas comunidades, afectando a cadeia alimentar e causando uma progressãopara montante de espécies marinhas. Os resultados sugerem ainda que osefeitos poderão ser mais significativos em estuários pouco profundos.

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A temática dos derrames de hidrocarbonetos continua a ser um assunto de extremaimportância dados os graves impactes continuadamente causados no meio marinho. O desenvolvimentode ferramentas para auxilio às autoridades responsáveis pela gestão costeirano combate e mitigação deste tipo de acidentes é prioritário nos planos estratégicos governamentais.Neste trabalho propõe-se um novo sistema integrado de análise de hidrocarbonetos desenvolvidopara aplicação a derrames em zonas costeiras, portuárias e oceânicas. Desenvolveuseuma nova metodologia baseada na sinergia da modelação numérica com a detecção remotapor satélites. Este sistema integra uma componente de modelação numérica flexível(2D/3D) e um novo algoritmo de segmentação de manchas de hidrocarbonetos observadasem imagens SAR. O algoritmo de detecção remota foi concebido para validar os resultadosdo sistema de modelos. O sistema de modelação baseia-se numa abordagem Euleriana-Lagrangeana para a resolução dos processos de evolução dos hidrocarbonetos, utilizandomalhas não-estruturadas para a representação dos domínios de estudo numa perspectivamulti-escala. O modelo de hidrocarbonetos inclui a maioria dos processos relevantes numderrame à superfície e na coluna de água e inclui um novo algoritmo para a retenção costeiraque considera a dinâmica intertidal para aplicação a domínios praias, lagunas e estuários.Realizaram-se diversas aplicações sintéticas e reais que comprovaram a precisão, robustez,fiabilidade e flexibilidade do sistema integrado, com custos computacionais e níveisde complexidade variável. A aplicação do sistema ao caso Prestige permitiu demonstrarque a sinergia entre a modelação numérica e a detecção remota é uma mais-valia para aprevisão de derrames de hidrocarbonetos no mar e serviu como base para uma análise qualitativada influência da precisão da previsão do vento como agente forçador.Futuramente, o sistema poderá ser aplicado na optimização de planos de contingência,sustentando análises de risco, e em sistemas de alerta e aviso para acidentes de poluição.

As margens estuarinas são constituídas por diversos elementos morfo-sedimentares, interdependentes entre si através de processos hidrodinâmicos, sedimentares, morfológicos e ecológicos. Estas características conferem à zona marginal do estuário uma sensibilidade particular a desequilíbrios entre o suporte morfológico e sedimentar e à acção dos agentes hidrodinâmicos, climáticos e antrópicos. A presente tese contempla o estudo da evolução morfo-sedimentar de margens estuarinas, procurando identificar as condições genéticas, caracterizar e quantificar os processos evolutivos actuais e passados. A área em estudo situa-se na margem sul do estuário interno do Tejo, entre Alcochete e Cacilhas, incluindo a restinga do Alfeite e a baía do Seixal. Efectuou-se a caracterização hidrodinâmica, morfológica e sedimentar da região em estudo e a avaliação dos padrões evolutivos à mesoescala e microescala. O estuário do Tejo é caracterizado por extensas zonas intertidais constituídas por rasos de maré e sapais. Estas áreas são alimentadas por sedimento em suspensão de origem fluvial, redistribuído pelas correntes de maré. Contrastando com o predomínio da sedimentação essencialmente silto-argilosa, surgem na margem sul praias e restingas de natureza arenosa que indicam a actividade de ondas de geração local. A morfologia da restinga do Alfeite evidencia a actividade de ondas, quer na sua formação, quer na sua evolução temporal. A sua instalação, há cerca de 500 anos atrás, terá correspondido a um episódio de mobilização considerável de material grosseiro proveniente de fontes sedimentares próximas - as rochas detríticas miocénicas e pliocénicas. A instalação da restinga proporcionou a manutenção de um ambiente de baixa energia, constituído por rasos de maré e sapais (baía do Seixal). O clima de agitação local está sobretudo relacionado com as nortadas, devido às maiores distâncias de fetch associadas e à intensidade mais elevada dos ventos daquele quadrante. O clima de agitação médio, obtido através de um modelo de previsão da agitação, caracteriza-se por alturas significativas de onda entre 0,2 e 0,4 m e por períodos de zero ascendente de 2 s. Em condições extremas a altura significativa de onda pode atingir 1,3 m. As ondas de geração local no estuário interno têm capacidade para causar a ressuspensão, transporte e acumulação de areias na margem sul, virada às direcções de fetch mais longo. Identificaram-se dois domínios principais de transporte longitudinal, envolvendo um caudal sólido semelhante de 20 000 - 30 000 m3/ano. Estes resultados concordam como as direcções de desenvolvimento e de progradação das restingas de areia. O padrão de dispersão de material sedimentar concorda também com a localização de fontes sedimentares potenciais. A restinga do Alfeite mostra uma variação morfológica evidente nos últimos 150 anos, dominada pelos processos de erosão e envolvendo a redução da área da praia em cerca de 15 ha. As modificações mais importantes ocorreram no período 1930-1979, com uma taxa de erosão média de 0,3 ha/ano, que coincidiu com intensa intervenção antrópica no sistema envolvendo alteração dos balanços sedimentares locais. As taxas de erosão obtidas através da análise evolutiva à mesoescala concordam com os volumes sedimentares avaliados para a deriva litoral local. O padrão evolutivo à microescala da praia do Alfeite mostra igualmente um comportamento particular de resposta a alterações hidrodinâmicas locais e à acção antrópica. O padrão de evolução à mesoescala e microescala da baía do Seixal sugere uma diferença acentuada entre o comportamento das zonas subtidal e intertidal inferior, com alguma dominância dos processos erosivos (com uma taxa de erosão média de 1-2 cm/ano), e o da zona supratidal com taxas de sedimentação relativamente elevadas (1cm/ano). O modelo morfo-sedimentar proposto para a baía do Seixal é essencialmente um modelo de redistribuição de sedimentos entre os rasos de maré superiores e sapais e os canais; resulta a selecção natural entre siltes grosseiros e areia e uma fracção mais fina com componente orgânica importante. À macroescala, o modelo evolutivo proposto será interrompido por episódios de entrada excepcional de material, principalmente através da rede hidrográfica local, associados a eventos extremos. As margens estuarinas são particularmente sensíveis a alterações extremas dos balanços sedimentares locais, sendo clara a interdependência entre a evolução morfológica e a interferência antrópica no sistema.

Os estuários são sistemas ricos em recursos naturais e de grande fragilidade ecológica. O seu uso, como suporte de múltiplas actividades, faz com que seja necessário definir planos de gestão destinados a compatibilizar tais utilizações, salvaguardando o equilíbrio ecológico e a saúde pública. Reviram-se os conceitos de estuário, suas características e tipos. Identificaram-se princípios e metodologias para a sua gestão, que requerem o uso de instrumentos, dentre os quais são objecto central do presente estudo os sistemas de indicadores ambientais. O modelo de enquadramento adoptado foi o de Pressão Estado Resposta. As aplicações do conceito de indicador ambiental a estuários são recentes e limitadas, devido à especificidade destes sistemas, em particular, da coexistência de escalas de tempo distintas no controlo dos processos hidrodinâmicos e das suas características bio-geo-químicas. A caracterização ambiental dum estuário requer a aplicação de uma metodologia que inclui, além de informação de contexto, a identificação das zonas homogéneas, definidas com base em critérios morfológicos, de salinidade e de gestão, e das escalas de tempo relevantes, para definir os domínios de integração espacial e temporal das variáveis observadas, que conduzem aos valores significativos. A estes é removida a dimensão, sendo normalizados por aplicação de operadores algébricos e gráficos, inferindo-se a conformidade com a qualidade ambiental a partir dos valores dos indicadores normalizados. A metodologia inclui a definição de classes de qualidade. A metodologia foi ensaiada no estuário do Tejo. A sua caracterização, cobrindo as temáticas da eutrofização e estado de oxigenação, da qualidade estética e da contaminação bacteriológica e por xenobióticos, demonstrou a exequibilidade do método. Os resultados, se bem que de interesse relativo por recorrerem a dados heterogéneos e, por vezes, sem actualidade, revelam um estuário com baixa susceptibilidade à poluição, onde o incumprimento das normas de emissão pelas fontes poluentes era dominante. Porém, o estado do estuário revelou-se, em grande parte da sua extensão, bom ou excelente relativamente a alguns parâmetros, embora tenham sido identificadas situações de não conformidade. A metodologia é, assim, exequível, mesmo quando aplicada a um estuário complexo como o Tejo, e capaz de diferenciar situações de qualidade ambiental distintas. Constitui um instrumento de gestão útil para o apoio ao planeamento de programas de monitorização, para a sistematização da informação e para a comunicação clara com os responsáveis pelas decisões e com o público.

Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) are increasingly used to simulate groundwater and surface water transport and water quality, largely due to their ability to use large time steps and to formally decouple processes with distinct time scales. Yet, two severe limitations remain: (1) ELMs do not inherently conserve mass, AND (2) in multiple dimensions, robust implementations of "higher-order" ELMs are expensive. Our research focused on the understanding of the main sources of errors in ELMs. We analyzed systematically the impact and relative importance of tracking errors, integration errors and forcing by non-conservative flow fields, on measures of mass conservation, overall accuracy and stability. From this analysis, we propose new methodologies and general guidelines towards mass conservative, globally accurate and stable multi- dimensional ELM transport simulations in estuarine and coastal regions. We performed a pioneering study of the influence of tracking errors, demonstrating their very strong negative impact on mass conservation, overall accuracy and stability. Low-order tracking methods are strongly discouraged in the presence of complex flow fields, typical of estuaries, because they are too inaccurate to allow overall mass balance and phase preservation, and they lead to potential instability. We show that the evaluation of the integrals at the feet of the characteristic lines is an important source of mass and overall errors, which can be controlled through grid refinement. To avoid such errors, we develop a new method that combines the flexibility and local mass properties of control volume finite element methods (CVFE), with a new quadrature integration technique. Subdivision quadrature overcomes stability constrains of traditional quadratures and allows for easy implementation in multiple dimensions. We find subdivision quadrature CVFE-ELMs to be an attractive alternative to current finite element ELMs in estuaries and coasts. Non-conservative flow fields are the primary concern for estuarine and coastal applications because ELMs cannot mitigate their effect without jeopardizing overall accuracy. We found bathymetric gradients and complex geometry to be the main sources for flow mass errors, and grid refinement to be inadequate to eliminate them. Consequently, mass imbalances in ELM solutions cannot be removed by grid refinement. Control volume finite elements and conservative-equation-based formulations are equally ineffective in the presence of a non-conservative flow. The problem needs to be addressed at the source, i.e., the circulation models that generate the flows. A detailed analysis of residence times illustrates the importance of improving numerical models, and provides new insights on the variability of residence times in estuarine systems. A new methodology is proposed, which emphasizes the importance of local analysis of residence times to understand the fluxing properties of a complex system, while providing an alternative approach to traditional bulk evaluations of residence times. Key Words: Flow mass conservation. Transport Mass conservation. Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Finite Volumes. Finite elements. Accuracy Analysis. Residence Times.

The thesis deals with the numerical modelling of random wave propagation in the nearshore region. The mathematical modelling is based on the mild - slope equation.The mild - slope equation has been considered in a linear elliptic form in order to take into account wave refraction, diffraction, and reflections, and therefore to allow for the applicability of the model without constraints even to areas like harbours where reflections play an important role. Owing to the fact that we are dealing with a boundary value problem, the mathematical methods for solving the linear system of equations generated after discretising the governing equation and the boundary conditions imposed are fundamental to developing an efficient numerical model. A range of mathematical methods for solving the linear elliptic form of the mild-slope equation as well as a range of appropriate radiation boundary conditions are analysed, implemented and compared. Comparisons with available results, experimental and numerical, for different cases of study, validate the model for monochromatic waves.To overcome the difficulty of applying the linear elliptic model over large areas, a multigrid technique was deployed in a numerical model of a non-linear transformed form of the mild-slope equation in order to accelerate convergence. This technique was applied to a range of iterative solvers and satisfactory results were obtained.A numerical model of a hyperbolic form of the mild-slope equation, an initial value problem, was also developed and extended in order to test a range of radiation boundary conditions. Results show that "sponge layers" provide the best means of dealing with radiation type boundary conditions.The elliptic model was then further developed by extending it to random waves using the concept of superposition of spectral components. The importance of frequency and directional spreading was investigated. Based on the energy balance equation the phenomenon of breaking of irregular waves in the surf zone was incorporated, using two different approaches, in the model which was applied to cases that had been experimentally studied before. The results from this part of the work are unique and demonstrate the practical usefulness of the model.

STERNA é um sistema de modelos matemáticos para a simulação de processos hidrodinâmicos e de qualidade da água em estuários não-estratificados. Este sistema é constituído pelo modelo hidrodinâmico MOHID, previamente existente, e por um modelo de transporte e por um conjunto de módulos de qualidade da água, desenvolvidos no decurso deste estudo. As equações de conservação da massa e de conservação da quantidade de movimento, do modelo hidrodinâmico, e a equação de advecção-difusão, do modelo de transporte, são resolvidas pelo método das diferenças finitas, a partir de uma formulação bidimensional (2D), integrada na vertical.Descreve-se a aplicação do sistema STERNA ao estuário do Tejo. Os resultados são comparados com observações efectuadas em campanhas do "Estudo Ambiental do Estuário do Tejo". Estas observações compreendem: a) séries temporais de correntes, salinidade, temperatura e sedimentos em suspensão, com cerca de 24 horas de duração; b) séries de valores mensais de salinidade, temperatura, clorofila-a, fosfato, amónia, nitrato, CBO e oxigénio dissolvido, com 4 anos de duração. Verifica-se, para a generalidade dos parâmetros, uma concordância satisfatória entre observações e resultados dos modelos.Os dados de campo e o sistema de modelos proposto servem de suporte a uma análise das características do ambiente no estuário do Tejo. Discutem-se, em particular: as trocas de maré entre o estuário e o exterior; a importância da estratificação de densidade; os fluxos de calor através da superfície; os mecanismos de formação da zona de turvação máxima; os factores responsáveis pela limitação da produção primária fitoplanctónica; os processos envolvidos no ciclo do fósforo e do azoto; e a ocorrência de défices de oxigénio. Conclui-se pela importância de uma abordagem integrada no estudo dos processos estuarinos.Palavras-chave: Modelos matemáticos; método das diferenças finitas; hidrodinâmica de estuários; qualidade da água; estuário do Tejo.

Although three-dimensional (3D) modeling of coastal and estuarine flows is becoming common, several limitations remain related to our ability both to describe and to numerically simulate the correct physics. Two key limitations concern vertical resolution: the lack of flexibility of current methods for vertical discretization prevents the optimal use of computational resources, and guidelines for vertical nodal placement are not available.The major contribution of this thesis is the development, analysis and test of an approach that allows for an unprecedented flexibility in the vertical refinement of the domain. This approach, which we refer to as localized sigma coordinates (LSC), is the first to allow the number of nodes per vertical to vary horizontaly, and can therefore be considered a natural extension to the use of unstructured grids in the horizontal.To take advantege of the LSC, we perform the first systematic study for the vertical discretization in barotropic tidal flow simulations. The resulting optimal grid can reduce the errors relative to a uniform grid by over an order of magnitude and compares favorably with non-uniform grids previously proposed. A criterion to guide the horizontal distribution of the total number of nodes is proposed and discussed in the context of simple one- and two-dimensional models, and is then extended to three dimensions. Accounting for advection in three dimenions forces modifications to the criterion, but the overall concept proved to be useful: using a variable number of nodes per vertical reduces the maximum velocity errors by a factor of two.As part of our analysis of the LSC, we investigate the evaluation of the horizontal gradients in sigma-coordinate shallow water models. We show that horizontal gradients should be computed in sigma rather than z-coordinates, and that the so-called hydrostatic inconsistency typically associated with sigma coordinates does not correspond to a numerical inconsistency. The large errors associated with the evaluation of horizontal gradients can be by-passed through appropriate horizontal resolution, and a procedure to define this resolution is proposed based on results from a truncation error analysis.An application to the Tagus estuary demonstrates the enhanced accuracy provided by the LSC, and provides new insights into the estuarys 3D barotropic circulation. Strong residual currents (depth-averaged eulerian residual velocities of up to 0.5 m/s) are generated by advective accelerations and have a major impact on the mixing characteristics at the mouth of the estuary. The assymetry between ebbing and flooding promotes exchanges between marine and estuarine waters, while he interaction between tidal and residual flows leads to strong chaotic stirring.The good performance of the LSC in a complex application establishes this method as an attractive alternative to the traditional sigma- and z-coordinates.

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