As atividades de I&D&I que se desenvolvem no DT referem-se às áreas de "Transportes" e de "Estradas, Caminhos de Ferro e Aeródromos", incidindo principalmente nos domínios dos pavimentos rodoviários e aeroportuários, das vias férreas e respetivas fundações, do planeamento e economia de transportes, da mobilidade sustentável e do funcionamento dos sistemas de tráfego rodoviário, em especial no que se refere à segurança da circulação. Estas áreas são cobertas em estudos de investigação aplicada, sendo o conhecimento detido disponibilizado à sociedade através de estudos e pareceres contratados, de ações de divulgação e de formação e no apoio à tutela e demais organismos da administração no que se refere a obras públicas no domínio dos transportes nas várias fases do seu ciclo de vida.
Organicamente, o DT encontra-se estruturado em 2 unidades: