Publicações

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The effects of tidal flats on the hydrodynamics of the Tagus estuary are analysed using an accurate high-resolution shallow water model, supported by field data. Tidal flats act mainly as filters, rather than sinks, transferring energy from astronomic to non-linear frequencies. Tidal flats also play a major role in determining the strong resonance mode that amplifies semi-diurnal constituents.We show that the upper estuary, with extensive tidal flats, has an increasing accretion rate. This "filling-up" results from a positive feedback between sediment deposition and the hydrodynamics: accretion in the upper estuary increases the duration of ebbs, decreasing sediment flushing, and further increasing accretion.

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An efficient numerical model of the mild-slope equation, describing water wave propagation (combined refraction-diffraction), based on robust iterative methods is presented. The elliptic formulation (boundary value problem) of the governing equation is selected for numerical treatment because it is particularly suited to complex wave fields like those encountered inside harbours. The requirement that the computational model be capable of dealing with large problem domains is addressed by implementing and testing two iterative solvers, both belonging to the family of Krylov subspace methods. The two solvers are based on the Stabilised Bi-Conjugate Gradient Method (Bi-CGSTAB) and the Generalised Minimum Residual (GMRES) method. The performance characteristics of the solvers are established using results for two standard test cases widely used as benchmarks in coastal modelling. It is shown that the Bi-CGSTAB algorithm has a considerably better convergence rate than the GMRES algorithm and, moreover, it is faster and more efficient than other published methods for the same problem.

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We investigate the effect of tracking errors on the accuracy and stability of Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) for the solution of the transport equation. A combination of formal analysis and numerical experimentation demonstrates that the effect is severe. Even moderate tracking errors substantially affect the preservation of the zeroth, first and second moments of concentration ( mass, phase and diffusion) and may lead to the instability of otherwise stable and very accurate ELMs. The use of accurate tracking algorithms is strongly recommended for Eulerian-Lagrangian simulations involving complex flows. Key Words: Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Tracking methods. Mass conservation. Numerical experimentation. Accuracy

Three-dimensional simulations of barotropic tides are used to investigate the complex circulation at the mouth of the Tagus estuary. Comparison with field data shows that elevations are well represented in the main area of interest, but velocities are slightly over-predicted due to a simplified treatment of intertidal flats. Model results show the existence of strong velocity phase lags (up to 1.75 hours for the semi-diurnal constituents) between the shallow areas and the deep channel. These phase lags are partially responsible for the generation by advective accelerations of a strong residual velocity field (velocities reach 0.5 m/s -1) with well defined eddies. The interaction between the residual and tidal velocity fields in turn generates strong chaotic stirring.Localized sigma coordinates (LSC), a recently proposed method which allows the number of nodes per vertical to vary horizontally, are used for the first time in a three-dimensional application. A previously proposed criterion for the horizontal distribution of the total number of vertical nodes is shown to be inadequate when advective accelerations are important. However, with an alternative criterion, the use of LSC reduces maximum errors by a factor of two relative to traditional sigma coordinates.

The variability of estuarine residence times is elucidated through accurate, diagnostic numerical tracking of a large number of particles, complemented with statistical analysis. Residence times are shown to have strong spatial and temporal variability, which is accentuated by exchanges between the estuary and the coastal ocean due to chaotic stirring at the mouth. The concept of a single residenc time per estuary, while convenient from both ecological and engineering viewpoints, is therefore shown to be an oversimplification. Maps of residence times and cumulative histograms are examined as alternatives. The former are attractive only for once-through tracers, while the latter appear useful over a broader range of tracer characteristics. Key Words: Residence Times Tejo estuary

Evaluating horizontal gradients in three-dimensional shallow water models that use bottom-following sigma coordinate can lead to large errors near steep bathymetry. A technique that has been proposed to minimize this problem involves computing horizontal gradients in cartesian coordinates, while treating all other terms in a sigma-coordinate framework. We study this technique through both truncation error analysis and numerical experimentation, and compare it to the direct application of sigma coordinates. While the cartesian coordinate method can be more attractive when horizontal gradients are zero, the sigma coordinate method can be more accurate in other physically relevant situations. Also, the cartesian coordinate method introduces significant numerical diffusion of variable sign near the bottom (where physical diffusion is particularly small), thus potentially leading to instabilities. Overall, we consider the sigma coordinates to be the best approach.

We propose an empirical law for vertical nodal placement in tidal simulations that depends on a single parameter, p. The influence of dimensionless numbers on the optimal value of p is analysed through a series of numerical experiments for an individual vertical, and a single value of p is found to be adequate for all cases. The proposed law can lead to gains in accuracy of over two orders of magnitude relative to a uniform grid, and compares favorably with non-uniform grids previously used in the literature. In practical applications, the most effective use of this law may require each vertical to have a different number of nodes. Criteria for the distribution of the total number of nodes among different verticals are also proposed, based on the concept of equalizing errors across the domain. The usefulness of the overall approach is demonstrated through a two-dimensional laterally-averaged application to a synthetic estuary. Key words: Vertical discretization. Sigma coordinates.Localized sigma coordinates. Tidal flow. Numerical experimentation.

Field observations were performed at an embayed beachto investigate infragravity (IG) wave (0.005-0.04 Hz) dynamics. Offshore short-wave conditions measured by the Cabo Sillero buoy (323 m depth) were characterized by a mean significant wave height of 0.9 m and a mean peak wave period of 9 s. Analysis of field observations demonstrate that for this embayed beach two IG wave peaks can be detected (0.01 and 0.025 Hz). The IG wave band can be separated in two frequency bands due to the different wave propagation characteristics (0.005-0.02 and 0.02-0.04 Hz). The bound wave generation mechanism was identified based on a negative correlation between the short-wave envelope and the IG wave elevation for a time lag of 5 s. The phase-lag evolution of the IG wave increasingly lags behind the short-wave envelope shorewards.

As inundações de margens estuarinas são causadas pela maré, o vento, a pressão atmosférica, a agitação marítima e o caudal fluvial. Esta combinação de agentes forçadores dificulta os estudos de inundação estuarina, no que se refere quer à simulação conjunta dos diferentes processos, quer à associação de um período de retorno a uma determinada área de inundação. Recentemente, desenvolveu-se uma metodologia simples que permite simultaneamente construir mapas das áreas inundáveis e associar-lhe um período de retorno. O presente artigo começa por descrever sucintamente esta metodologia. Valida depois os resultados da sua aplicação ao estuário do Tejo por comparação com a aplicação de uma abordagem alternativa mais sofisticada, na qual são simulados detalhadamente eventos reais. Esta comparação mostra que, apesar das simplificações, a abordagem descrita produz resultados realistas. Finalmente, ilustra a metodologia através da sua aplicação ao estuário do Mondego. Mostra-se que os diques existentes são suficientes para conter inundações de origem marítima na situação atual, o que poderá ser alterado pela subida do nível médio do mar. A ilha da Murraceira também está sujeita a inundação em cenários de subida do nível médio do mar.

This study evaluates the impact of bars on the dynamics of infragravity waves on a dissipative beach. Numerical simulations were performed with the SWASH model with a setup previously validated on a laboratory experiment. Bars increase the significant infragravity wave height across the inner surf zone by up to 25%. This growth is explained by nonlinear energy transfers between infragravity and short waves that occurred over the bar trough. Infragravity wave energy losses near the shoreline are higher, by approximately 30%, for the barred when compared to the unbarred beach profile.

Os sistemas de previsão e monitorização em tempo real constituem ferramentas inovadoras para a gestão otimizada da água em meios estuarinos e costeiros. O LNEC desenvolveu uma plataforma para a gestão em tempo real dos meios aquáticos, baseada na WIFF

Analisaram-se os processos de sedimentação no porto de Portimão, situado no estuário do rio Arade. O trabalho envolveu a comparação de nove levantamentos hidrográficos realizados entre 2000 e 2015. Foi tida em consideração a intervenção de dragagem executada em 2007-2008. Excluindo o efeito da dragagem, o canal de acesso e a bacia de manobra, à cota -8,0 m ZH, constituem a área do estuário que registou a taxa de sedimentação média mais elevada, sendo a taxa de sedimentação da bacia de manobra (0,07-0,09 m/ano), a montante, superior à do canal de acesso (0,03-0,04 m/ano), a jusante. Verifica-se alguma variabilidade entre levantamentos consecutivos, que não decorre necessariamente de uma efetiva evolução morfológica. Conclui-se que o porto apresenta condições de manutenção relativamente favoráveis, dado que o assoreamento da barra por captação de material sedimentar da zona costeira exterior é pouco significativo.

A margem sul do estuário do Tejo é composta por extensas áreas com cotas baixas, logo suscetíveis a inundações. A determinação da perigosidade associada a estas inundações é por isso fundamental para a gestão territorial. Uma das mais graves inundações do último século ocorreu em 15 de fevereiro de 1941, existindo poucos dados quantitativos sobre o evento. Este trabalho vem colmatar esta lacuna através da implementação, validação e exploração de um conjunto de modelos numéricos que permitiu determinar a extensão da inundação da margem sul do estuário do Tejo, caso se repetisse um fenómeno semelhante, e determinar a importância relativa dos principais agentes forçadores nos níveis extremos neste estuário. Os modelos implementados incluem um modelo atmosférico à escala regional e local, modelos de agitação marítima e de circulação à escala regional, e um modelo acoplado de circulação e de agitação marítima à escala do estuário. Mostra-se também que a modulação do setup devido à agitação marítima na embocadura gera um sinal semi-diurno que é amplificado por ressonância no interior do estuário

Non-linear wave-wave interactions between sea-swell waves (0.5 < f < 0.04 Hz) and infragravity waves (0.04 < f < 0.004 Hz) are studied in detail from field data using bispectral analysis. This methodology allowed to understand the direction and magnitude of the non-linear energy transfers within the spectrum. Field measurements of pressure data were collected at S. Jacinto beach during a full tidal cycle on a cross-shore transect at the subtidal and intertidal zone. Bispectral estimates showed triad interactions between two sea-swell waves and one infra-gravity wave at the surf zone. The non-linear transfers were out of phase which indicates the presence of bound waves. These results evidenced the presence of energy transfers from infra-gravity to sea-swell band where the sea-swell waves are more energetic, during shoaling and breaking.

Generation mechanisms of infra-gravity motions are analysed using field observations at S. Jacinto beach. These observations were, tipically, bottom-pressure time series collected in June 2015 during a full spring tidal cycle from the subtidal to the intertidal zone. Bound wave and breakpoint generation mechanisms were assessed using the parameters proposed in the available literature. The results put in evidence the importance of infra-gravity wave energy close to the shoreline. An increase of up to 0.42 m was estimated. The clearest generation mechanism was the bound wave release. The breakpoint generation also contributed but to a less extent and only during high-water.

Climate change represents a potential threat for estuaries, via potential landward intrusionof saltwater, inundation of low-lying areas, acceleration in the nutrients cycling and disruption ofaquatic ecosystems. The Tagus estuary, one of the largest estuaries in Europe, holds a major naturalreserve and supports diverse activities, some of which may be negatively affected by the landwardintrusion of saltwater (e.g. agriculture). In this study, a new three-dimensional hydrodynamicsbaroclinic model is implemented and validated in the Tagus estuary. A preliminary analysis of thesalinity distribution relative to different river flows and sea level rise is also performed. Results showthat the model adequately represents the main patterns observed, with significant improvements fromprevious applications. The classification of the estuary, based on the Venice system, showscontrasting situations regarding the salinity distribution for extreme river flows, and the progressionfurther upstream of the saltwater due to mean sea level rise.

The assessment of vulnerability provides valuable knowledge in the risk assessment steps of a risk governance process. Given the multiscale, multilevel and multisectorial aspects of flood risk, the diversified entities that directly and indirectly intervene in risk management require specific outputs from the assessment studies. Vulnerability assessment methodologies should, therefore, produce the most adequate information considering their final end-users. Urban areas in estuarine margins are particularly exposed and vulnerable to flooding due to the high dynamics of such natural and human systems. That interface conditions are found in the Old City Centre of the Seixal municipality, located in the left margin of the Tagus River, near Lisbon (Portugal). In this study area two distinct methodologies were applied for the assessment of territorial vulnerability to estuarine flooding. After a description of the assessment procedures results are presented, compared and discussed. A first, lower-scale, methodology explores the application of the statistical procedure based on the SoVI® at the statistical block level. The second, higher-scale, methodology is based in data collected through field matrices at the building and statistical sub-block level. The comparison of both vulnerability classifications revealed that the lower-scale vulnerability assessment provides information with the ability to identify vulnerability drivers at the regional and municipal level. Nevertheless, only at a higher-scale it is possible to characterize and differentiate the smaller units of analysis that compose the Old City Centre of Seixal. It is argued that the most efficient implementation of local flood risk management strategies in the study area

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The hydrodynamics and sediment dynamics of a low energy estuarine beach was analysed. The beach is subjected to local wind waves generated in an area of restricted fetch, wake waves generated by catamarans and a semi diurnal meso-tidal regime. Only storm events of short duration modify the beach profile, which, once the normal hydrodynamic conditions are restored, naturally recovers its initial shape. The beach is characterised by having a steep upper slope until mean sea level, followed, seaward, by a low gradient terrace, and a bimodal sediment distribution. To investigate the hydro sedimentologic beach behaviour, wind, topo-hydrographic and sedimentologic data were used as input and validation of process based numerical modelling. Wave generation and transformation in an area of restricted fetch, nearshore circulation, sediment transport and morphological evolution were simulated for average annual conditions and storm conditions. The statistical analysis of a six-year wind data series allowed to derive the average wind regime, based on which, the average annual wave regime and the average annual longshore sediment budget, 14.5x103 m3year-1, were calculated. The contribution of the individual components of the representative wave regime, discretised by directional sector and height class of incidence, was evaluated as well as the spatial distribution of the longshore sediment transport in the active part of the beach profile. The characteristics of the wave groups generated by the passage of catamarans at different speeds were estimated and their action on the beach morphology was simulated. Although when the catamarans travel at 20 knots speed the average annual wake wave energy dissipated at the beach is 2.5 times higher than the average annual wind wave energy, the erosion effect on the beach profile is still not relevant for the present traffic. In opposition, short duration storm events generate the formation of an erosion scarp at the upper part of the beach face. The numerical modelling of this phenomenon allowed to acknowledge on the protective effect that the low gradient terrace has on the beach face.

A presente tese tem como objetivo melhorar a gestão dos sistemas de distribuição de água através da utilização de métodos probabilísticos e estatísticos para analisar os dados de contadores inteligentes. Assim, é proposta uma metodologia para avaliação da incerteza em medições de caudal dinâmicas, baseada apenas nas próprias medições, no método de bootstrap por blocos e no ajustamento de um modelo adequado aos dados em estudo. De seguida, é desenvolvida uma metodologia de amostragem probabilística estratificada dos clientes para identificação de uma amostra representativa onde deverão ser instalados contadores inteligentes, sendo os estratos definidos pelos grupos obtidos numa análise de clusters baseada em dados de faturação. É ainda apresentada uma metodologia para a decomposição¸ de séries temporais de caudal em consumo autorizado, consumo não autorizado, roturas e perdas, utilizando técnicas de suavização de séries temporais e análise do espetro singular (singular sprectum analysis). Por último, são testados alguns métodos robustos e de analise funcional para deteção de valores anómalos em series temporais de caudal.

A compreensão dos impactes das alterações climáticas é fundamental para agestão a longo do prazo dos ecossistemas estuarinos. Esta compreensão sópoderá ser efectiva considerando a variabilidade climática natural e o papelrelativo das intervenções antropogénicas nestes ecossistemas. Assim, apresente dissertação analisa a influência das alterações climáticas e pressõesantropogénicas na qualidade da água e dinâmica ecológica da Ria de Aveirocom base numa abordagem integrada, que combinou a análise de sériestemporais dos últimos 25 anos e a modelação numérica de elevada resoluçãode cenários futuros de alterações climáticas e intervenções antropogénicas.A componente de modelação de qualidade da água e ecológica foi melhoradaa vários níveis. A análise de sensibilidade do modelo 3D hidrodinâmicoecológicoECO-SELFE aplicado à Ria de Aveiro e a revisão das constantes desemi-saturação para absorção de nutrientes pelo fitoplâncton contribuírampara a precisão e robustez das aplicações. A concentração do fitoplâncton foisignificativamente influenciada pelas taxas de crescimento do fitoplâncton e demortalidade e excreção do zooplâncton, e apresentou uma sensibilidadereduzida à variação das constantes de semi-saturação na gama identificadapara as diatomáceas. O acoplamento do ECO-SELFE a um modelo de campopróximo e a integração do ciclo do oxigénio aumentaram a sua capacidade derepresentação dos processos e das escalas espaciais relevantes. A validaçãodo ECO-SELFE foi realizada com base num conjunto de campanhasespecíficas realizadas no canal de Mira. Os padrões espaciais e temporaisobservados para as várias variáveis (clorofila a, nutrientes, oxigénio dissolvido,salinidade, temperatura da água, correntes e níveis) foram simulados comerros menores ou semelhantes aos obtidos neste tipo de aplicações.A análise dos padrões de variabilidade espacial e temporal da qualidade daágua e ecológica na Ria de Aveiro a diferentes escalas, efectuada com basenos dados históricos de 1985 a 2010 complementados pelas campanhasrealizadas, sugeriu uma influência combinada da variabilidade climática e dasacções antropogénicas. Os cenários futuros de alterações climáticas eintervenções antropogénicas simulados evidenciaram uma influência maissignificativa das alterações climáticas quando comparadas com os efeitos dasacções antropogénicas analisadas. As variações mais significativas sãoprevistas para os cenários de subida do nível do mar, seguidos dos cenáriosde alterações dos regimes hidrológicos, evidenciando o papel da circulação(maré e caudal fluvial) no estabelecimento da qualidade da água e dinâmicaecológica na laguna. Para os cenários de subida do nível do mar são previstosdecréscimos significativos da clorofila a e dos nutrientes a jusante e nas zonasintermédias do canal, e um aumento significativo da salinidade a montante.Estas alterações poderão favorecer modificações da composição e distribuiçãodas comunidades, afectando a cadeia alimentar e causando uma progressãopara montante de espécies marinhas. Os resultados sugerem ainda que osefeitos poderão ser mais significativos em estuários pouco profundos.

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A temática dos derrames de hidrocarbonetos continua a ser um assunto de extremaimportância dados os graves impactes continuadamente causados no meio marinho. O desenvolvimentode ferramentas para auxilio às autoridades responsáveis pela gestão costeirano combate e mitigação deste tipo de acidentes é prioritário nos planos estratégicos governamentais.Neste trabalho propõe-se um novo sistema integrado de análise de hidrocarbonetos desenvolvidopara aplicação a derrames em zonas costeiras, portuárias e oceânicas. Desenvolveuseuma nova metodologia baseada na sinergia da modelação numérica com a detecção remotapor satélites. Este sistema integra uma componente de modelação numérica flexível(2D/3D) e um novo algoritmo de segmentação de manchas de hidrocarbonetos observadasem imagens SAR. O algoritmo de detecção remota foi concebido para validar os resultadosdo sistema de modelos. O sistema de modelação baseia-se numa abordagem Euleriana-Lagrangeana para a resolução dos processos de evolução dos hidrocarbonetos, utilizandomalhas não-estruturadas para a representação dos domínios de estudo numa perspectivamulti-escala. O modelo de hidrocarbonetos inclui a maioria dos processos relevantes numderrame à superfície e na coluna de água e inclui um novo algoritmo para a retenção costeiraque considera a dinâmica intertidal para aplicação a domínios praias, lagunas e estuários.Realizaram-se diversas aplicações sintéticas e reais que comprovaram a precisão, robustez,fiabilidade e flexibilidade do sistema integrado, com custos computacionais e níveisde complexidade variável. A aplicação do sistema ao caso Prestige permitiu demonstrarque a sinergia entre a modelação numérica e a detecção remota é uma mais-valia para aprevisão de derrames de hidrocarbonetos no mar e serviu como base para uma análise qualitativada influência da precisão da previsão do vento como agente forçador.Futuramente, o sistema poderá ser aplicado na optimização de planos de contingência,sustentando análises de risco, e em sistemas de alerta e aviso para acidentes de poluição.

As margens estuarinas são constituídas por diversos elementos morfo-sedimentares, interdependentes entre si através de processos hidrodinâmicos, sedimentares, morfológicos e ecológicos. Estas características conferem à zona marginal do estuário uma sensibilidade particular a desequilíbrios entre o suporte morfológico e sedimentar e à acção dos agentes hidrodinâmicos, climáticos e antrópicos. A presente tese contempla o estudo da evolução morfo-sedimentar de margens estuarinas, procurando identificar as condições genéticas, caracterizar e quantificar os processos evolutivos actuais e passados. A área em estudo situa-se na margem sul do estuário interno do Tejo, entre Alcochete e Cacilhas, incluindo a restinga do Alfeite e a baía do Seixal. Efectuou-se a caracterização hidrodinâmica, morfológica e sedimentar da região em estudo e a avaliação dos padrões evolutivos à mesoescala e microescala. O estuário do Tejo é caracterizado por extensas zonas intertidais constituídas por rasos de maré e sapais. Estas áreas são alimentadas por sedimento em suspensão de origem fluvial, redistribuído pelas correntes de maré. Contrastando com o predomínio da sedimentação essencialmente silto-argilosa, surgem na margem sul praias e restingas de natureza arenosa que indicam a actividade de ondas de geração local. A morfologia da restinga do Alfeite evidencia a actividade de ondas, quer na sua formação, quer na sua evolução temporal. A sua instalação, há cerca de 500 anos atrás, terá correspondido a um episódio de mobilização considerável de material grosseiro proveniente de fontes sedimentares próximas - as rochas detríticas miocénicas e pliocénicas. A instalação da restinga proporcionou a manutenção de um ambiente de baixa energia, constituído por rasos de maré e sapais (baía do Seixal). O clima de agitação local está sobretudo relacionado com as nortadas, devido às maiores distâncias de fetch associadas e à intensidade mais elevada dos ventos daquele quadrante. O clima de agitação médio, obtido através de um modelo de previsão da agitação, caracteriza-se por alturas significativas de onda entre 0,2 e 0,4 m e por períodos de zero ascendente de 2 s. Em condições extremas a altura significativa de onda pode atingir 1,3 m. As ondas de geração local no estuário interno têm capacidade para causar a ressuspensão, transporte e acumulação de areias na margem sul, virada às direcções de fetch mais longo. Identificaram-se dois domínios principais de transporte longitudinal, envolvendo um caudal sólido semelhante de 20 000 - 30 000 m3/ano. Estes resultados concordam como as direcções de desenvolvimento e de progradação das restingas de areia. O padrão de dispersão de material sedimentar concorda também com a localização de fontes sedimentares potenciais. A restinga do Alfeite mostra uma variação morfológica evidente nos últimos 150 anos, dominada pelos processos de erosão e envolvendo a redução da área da praia em cerca de 15 ha. As modificações mais importantes ocorreram no período 1930-1979, com uma taxa de erosão média de 0,3 ha/ano, que coincidiu com intensa intervenção antrópica no sistema envolvendo alteração dos balanços sedimentares locais. As taxas de erosão obtidas através da análise evolutiva à mesoescala concordam com os volumes sedimentares avaliados para a deriva litoral local. O padrão evolutivo à microescala da praia do Alfeite mostra igualmente um comportamento particular de resposta a alterações hidrodinâmicas locais e à acção antrópica. O padrão de evolução à mesoescala e microescala da baía do Seixal sugere uma diferença acentuada entre o comportamento das zonas subtidal e intertidal inferior, com alguma dominância dos processos erosivos (com uma taxa de erosão média de 1-2 cm/ano), e o da zona supratidal com taxas de sedimentação relativamente elevadas (1cm/ano). O modelo morfo-sedimentar proposto para a baía do Seixal é essencialmente um modelo de redistribuição de sedimentos entre os rasos de maré superiores e sapais e os canais; resulta a selecção natural entre siltes grosseiros e areia e uma fracção mais fina com componente orgânica importante. À macroescala, o modelo evolutivo proposto será interrompido por episódios de entrada excepcional de material, principalmente através da rede hidrográfica local, associados a eventos extremos. As margens estuarinas são particularmente sensíveis a alterações extremas dos balanços sedimentares locais, sendo clara a interdependência entre a evolução morfológica e a interferência antrópica no sistema.

Os estuários são sistemas ricos em recursos naturais e de grande fragilidade ecológica. O seu uso, como suporte de múltiplas actividades, faz com que seja necessário definir planos de gestão destinados a compatibilizar tais utilizações, salvaguardando o equilíbrio ecológico e a saúde pública. Reviram-se os conceitos de estuário, suas características e tipos. Identificaram-se princípios e metodologias para a sua gestão, que requerem o uso de instrumentos, dentre os quais são objecto central do presente estudo os sistemas de indicadores ambientais. O modelo de enquadramento adoptado foi o de Pressão Estado Resposta. As aplicações do conceito de indicador ambiental a estuários são recentes e limitadas, devido à especificidade destes sistemas, em particular, da coexistência de escalas de tempo distintas no controlo dos processos hidrodinâmicos e das suas características bio-geo-químicas. A caracterização ambiental dum estuário requer a aplicação de uma metodologia que inclui, além de informação de contexto, a identificação das zonas homogéneas, definidas com base em critérios morfológicos, de salinidade e de gestão, e das escalas de tempo relevantes, para definir os domínios de integração espacial e temporal das variáveis observadas, que conduzem aos valores significativos. A estes é removida a dimensão, sendo normalizados por aplicação de operadores algébricos e gráficos, inferindo-se a conformidade com a qualidade ambiental a partir dos valores dos indicadores normalizados. A metodologia inclui a definição de classes de qualidade. A metodologia foi ensaiada no estuário do Tejo. A sua caracterização, cobrindo as temáticas da eutrofização e estado de oxigenação, da qualidade estética e da contaminação bacteriológica e por xenobióticos, demonstrou a exequibilidade do método. Os resultados, se bem que de interesse relativo por recorrerem a dados heterogéneos e, por vezes, sem actualidade, revelam um estuário com baixa susceptibilidade à poluição, onde o incumprimento das normas de emissão pelas fontes poluentes era dominante. Porém, o estado do estuário revelou-se, em grande parte da sua extensão, bom ou excelente relativamente a alguns parâmetros, embora tenham sido identificadas situações de não conformidade. A metodologia é, assim, exequível, mesmo quando aplicada a um estuário complexo como o Tejo, e capaz de diferenciar situações de qualidade ambiental distintas. Constitui um instrumento de gestão útil para o apoio ao planeamento de programas de monitorização, para a sistematização da informação e para a comunicação clara com os responsáveis pelas decisões e com o público.

Eulerian-Lagrangian methods (ELMs) are increasingly used to simulate groundwater and surface water transport and water quality, largely due to their ability to use large time steps and to formally decouple processes with distinct time scales. Yet, two severe limitations remain: (1) ELMs do not inherently conserve mass, AND (2) in multiple dimensions, robust implementations of "higher-order" ELMs are expensive. Our research focused on the understanding of the main sources of errors in ELMs. We analyzed systematically the impact and relative importance of tracking errors, integration errors and forcing by non-conservative flow fields, on measures of mass conservation, overall accuracy and stability. From this analysis, we propose new methodologies and general guidelines towards mass conservative, globally accurate and stable multi- dimensional ELM transport simulations in estuarine and coastal regions. We performed a pioneering study of the influence of tracking errors, demonstrating their very strong negative impact on mass conservation, overall accuracy and stability. Low-order tracking methods are strongly discouraged in the presence of complex flow fields, typical of estuaries, because they are too inaccurate to allow overall mass balance and phase preservation, and they lead to potential instability. We show that the evaluation of the integrals at the feet of the characteristic lines is an important source of mass and overall errors, which can be controlled through grid refinement. To avoid such errors, we develop a new method that combines the flexibility and local mass properties of control volume finite element methods (CVFE), with a new quadrature integration technique. Subdivision quadrature overcomes stability constrains of traditional quadratures and allows for easy implementation in multiple dimensions. We find subdivision quadrature CVFE-ELMs to be an attractive alternative to current finite element ELMs in estuaries and coasts. Non-conservative flow fields are the primary concern for estuarine and coastal applications because ELMs cannot mitigate their effect without jeopardizing overall accuracy. We found bathymetric gradients and complex geometry to be the main sources for flow mass errors, and grid refinement to be inadequate to eliminate them. Consequently, mass imbalances in ELM solutions cannot be removed by grid refinement. Control volume finite elements and conservative-equation-based formulations are equally ineffective in the presence of a non-conservative flow. The problem needs to be addressed at the source, i.e., the circulation models that generate the flows. A detailed analysis of residence times illustrates the importance of improving numerical models, and provides new insights on the variability of residence times in estuarine systems. A new methodology is proposed, which emphasizes the importance of local analysis of residence times to understand the fluxing properties of a complex system, while providing an alternative approach to traditional bulk evaluations of residence times. Key Words: Flow mass conservation. Transport Mass conservation. Transport equation. Eulerian-Lagrangian methods. Finite Volumes. Finite elements. Accuracy Analysis. Residence Times.

The thesis deals with the numerical modelling of random wave propagation in the nearshore region. The mathematical modelling is based on the mild - slope equation.The mild - slope equation has been considered in a linear elliptic form in order to take into account wave refraction, diffraction, and reflections, and therefore to allow for the applicability of the model without constraints even to areas like harbours where reflections play an important role. Owing to the fact that we are dealing with a boundary value problem, the mathematical methods for solving the linear system of equations generated after discretising the governing equation and the boundary conditions imposed are fundamental to developing an efficient numerical model. A range of mathematical methods for solving the linear elliptic form of the mild-slope equation as well as a range of appropriate radiation boundary conditions are analysed, implemented and compared. Comparisons with available results, experimental and numerical, for different cases of study, validate the model for monochromatic waves.To overcome the difficulty of applying the linear elliptic model over large areas, a multigrid technique was deployed in a numerical model of a non-linear transformed form of the mild-slope equation in order to accelerate convergence. This technique was applied to a range of iterative solvers and satisfactory results were obtained.A numerical model of a hyperbolic form of the mild-slope equation, an initial value problem, was also developed and extended in order to test a range of radiation boundary conditions. Results show that "sponge layers" provide the best means of dealing with radiation type boundary conditions.The elliptic model was then further developed by extending it to random waves using the concept of superposition of spectral components. The importance of frequency and directional spreading was investigated. Based on the energy balance equation the phenomenon of breaking of irregular waves in the surf zone was incorporated, using two different approaches, in the model which was applied to cases that had been experimentally studied before. The results from this part of the work are unique and demonstrate the practical usefulness of the model.

STERNA é um sistema de modelos matemáticos para a simulação de processos hidrodinâmicos e de qualidade da água em estuários não-estratificados. Este sistema é constituído pelo modelo hidrodinâmico MOHID, previamente existente, e por um modelo de transporte e por um conjunto de módulos de qualidade da água, desenvolvidos no decurso deste estudo. As equações de conservação da massa e de conservação da quantidade de movimento, do modelo hidrodinâmico, e a equação de advecção-difusão, do modelo de transporte, são resolvidas pelo método das diferenças finitas, a partir de uma formulação bidimensional (2D), integrada na vertical.Descreve-se a aplicação do sistema STERNA ao estuário do Tejo. Os resultados são comparados com observações efectuadas em campanhas do "Estudo Ambiental do Estuário do Tejo". Estas observações compreendem: a) séries temporais de correntes, salinidade, temperatura e sedimentos em suspensão, com cerca de 24 horas de duração; b) séries de valores mensais de salinidade, temperatura, clorofila-a, fosfato, amónia, nitrato, CBO e oxigénio dissolvido, com 4 anos de duração. Verifica-se, para a generalidade dos parâmetros, uma concordância satisfatória entre observações e resultados dos modelos.Os dados de campo e o sistema de modelos proposto servem de suporte a uma análise das características do ambiente no estuário do Tejo. Discutem-se, em particular: as trocas de maré entre o estuário e o exterior; a importância da estratificação de densidade; os fluxos de calor através da superfície; os mecanismos de formação da zona de turvação máxima; os factores responsáveis pela limitação da produção primária fitoplanctónica; os processos envolvidos no ciclo do fósforo e do azoto; e a ocorrência de défices de oxigénio. Conclui-se pela importância de uma abordagem integrada no estudo dos processos estuarinos.Palavras-chave: Modelos matemáticos; método das diferenças finitas; hidrodinâmica de estuários; qualidade da água; estuário do Tejo.

Although three-dimensional (3D) modeling of coastal and estuarine flows is becoming common, several limitations remain related to our ability both to describe and to numerically simulate the correct physics. Two key limitations concern vertical resolution: the lack of flexibility of current methods for vertical discretization prevents the optimal use of computational resources, and guidelines for vertical nodal placement are not available.The major contribution of this thesis is the development, analysis and test of an approach that allows for an unprecedented flexibility in the vertical refinement of the domain. This approach, which we refer to as localized sigma coordinates (LSC), is the first to allow the number of nodes per vertical to vary horizontaly, and can therefore be considered a natural extension to the use of unstructured grids in the horizontal.To take advantege of the LSC, we perform the first systematic study for the vertical discretization in barotropic tidal flow simulations. The resulting optimal grid can reduce the errors relative to a uniform grid by over an order of magnitude and compares favorably with non-uniform grids previously proposed. A criterion to guide the horizontal distribution of the total number of nodes is proposed and discussed in the context of simple one- and two-dimensional models, and is then extended to three dimensions. Accounting for advection in three dimenions forces modifications to the criterion, but the overall concept proved to be useful: using a variable number of nodes per vertical reduces the maximum velocity errors by a factor of two.As part of our analysis of the LSC, we investigate the evaluation of the horizontal gradients in sigma-coordinate shallow water models. We show that horizontal gradients should be computed in sigma rather than z-coordinates, and that the so-called hydrostatic inconsistency typically associated with sigma coordinates does not correspond to a numerical inconsistency. The large errors associated with the evaluation of horizontal gradients can be by-passed through appropriate horizontal resolution, and a procedure to define this resolution is proposed based on results from a truncation error analysis.An application to the Tagus estuary demonstrates the enhanced accuracy provided by the LSC, and provides new insights into the estuarys 3D barotropic circulation. Strong residual currents (depth-averaged eulerian residual velocities of up to 0.5 m/s) are generated by advective accelerations and have a major impact on the mixing characteristics at the mouth of the estuary. The assymetry between ebbing and flooding promotes exchanges between marine and estuarine waters, while he interaction between tidal and residual flows leads to strong chaotic stirring.The good performance of the LSC in a complex application establishes this method as an attractive alternative to the traditional sigma- and z-coordinates.

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