O DHA desenvolve atividade de I&D&I em todo o ciclo da água com foco em 5 pilares estratégicos: gestão do risco e segurança; infraestruturas; ambiente e sistemas aquáticos; água e cidade e sistemas de informação. Apoia a tomada de decisão na conceção e implementação de políticas públicas e promove a capacitação avançada e a disseminação do conhecimento nas suas áreas de intervenção, interligando a ciência e a engenharia orientada para a solução de problemas. O DHA dispõe ainda de elevadas capacidades de computação numérica e de instalações experimentais únicas no País para modelação física de portos, barragens e outras estruturas marítimas e hidráulicas.